太平天国作出的种种改革，都有冯云山的功劳。他在狱中所创制的《太平天历》被批准颁行。于咸丰二年起施行于太平天国管辖的地区。《天历》以“便民耕种兴作”和“农时为正”。天历的使用贯穿太平天国始终。他还负责订立了《太平军目》、《太平官制》、《太平礼制》等。

　　咸丰二年五月，冯云山指挥攻占全州时，中炮受伤。当他处在生命垂危之际，仍对杨秀清说：“迅速出兵，休为我一人误了大事。”六月初十，在蓑衣渡因伤势恶化而牺牲。

生平

发展经历
　　冯云山和洪秀全居同里，年相近，从小同学，后来又同做蒙馆塾师，他们志气十分相投。清道光二十三年，洪秀全创立上帝教，云山和他共同密图革命。云山一向与贫苦农民接触，使他同情广大农民的困苦，并产生对现实社会的不满和憎恨，到鸦片战争后，又看到清朝的腐朽和民众普遍反清，于是离开原来的阶级，走上起义的道路。
　　当时随洪秀全去的还有冯瑞嵩、冯瑞珍两人。他们到了粤北连山厅白虎墟，洪秀全打算自己深入八排瑶山地区，分发云山、冯瑞嵩、冯瑞珍三人回家。冯瑞嵩、冯瑞珍怕跋涉辛苦，愿意回家。云山却坚持要紧跟着洪秀全，不怕艰苦。
　　这年四月，冯云山和洪秀全在八排瑶山向瑶人进行宣传之后，到广西浔州府贵县赐谷村洪秀全的表兄黄盛均家。他们在那里做了三个多月宣传活动，洪秀全因见表兄家穷，难以久住下去，决定回广东，叫云山先回。
　　冯云山抱着一腔志愿随洪秀全外出图谋革命，跋涉山川，远到广西，现在还没有什么成就，便要回广东去，他是极不愿意的。所以他在赐谷村别了洪秀全到浔州府城后就留下来，要寻找在广西继续活动下去的门路。他在那里遇到一个朋友叫做张永绣的，同住一个多月，闻说桂平县北有一座紫荆山，是一个山深地僻，人入不知处的山区。他听了，心里很欢喜，认为那里正是他秘密活动的好地方，决定前去。
　　到紫荆山去要经过新墟。新墟是桂平县北区一个大市集。从新墟向北行，有一个小村落叫古林社，再深入，才是紫荆山口。冯云山先到新墟，他站在牛行，等人来雇。等了半天，看看要散墟了，还得不到雇主，他就跟趁墟人到古林社，向一家姓张的路店投宿。第二天，借一个竹篮，去拾牛粪过活。后来渐渐有人雇他做短工。他有时挑泥挖土，有时割禾打谷。明年，到紫荆山高坑冲张家做雇工。有一天，他到监生曾槐英家去帮割禾。那是一个大热天，冯云山担禾回来，他放下担子，揩了额上汗珠，一阵阵南风吹来。他一时高兴，不觉迎风高歌道：“南风之薰兮，可以解吾民之愠兮；南风之时兮，可以阜吾民之财兮。”曾槐英正睡在南窗下的竹榻上乘凉，听了十分诧异，他问云山道：“你读过书吗？因何来此做雇工”？冯云山回答说：“曾读书应试，在敝乡教蒙馆为生。久慕紫荆山奇水秀，想来观光，只因人地生疏，不做雇工，便无缘前来”。两人就在门前倾谈。冯云山经史烂熟，言谈风生，把这个老监生惊呆了。曾槐英很敬重冯云山，尊为客人。这年冬天，他把冯云山推荐到大冲曾玉珍家去做塾师。在紫荆山区里面，有一座叫做平在山，正是烧炭人们散居的地方。当年的炭窑。还有成百成千留存下来。烧炭为生的人们，长年在深山中，斫木烧炭，食不充饥，衣不蔽体。诗人“心忧炭贱愿天寒”的名句，正深刻地体现出他们的痛苦生活。云山懂得，那里有剥削、有压迫，那里就有反抗、有斗争；剥削越残酷、压迫越残酷的地方，那里反抗也就越激烈、斗争也就越激烈。他利用着在曾玉珍家做塾师作为掩蔽，教了书，就到他们那里去谈天。他向他们问饥问寒，热情地帮助他们解决困难。同时，利用宗教的说法，向他们宣传，阎罗、菩萨都是妖精，帮助地主害穷人，惟有上帝爱护穷人。上帝是独一真神，人人都是上帝所生所养，大家都是兄弟姊妹，应该同拜上帝。拜了上帝，人人有衣有食，无灾无难。他很熟练地在披着宗教外衣的里面慢慢地灌输着一些简单的概念和政治意识，使他们对现存的制度发生憎恨。于是把他们组织起来，在平在山创立起拜上帝会革命组织。