冯云山被捕后，洪秀全从贵县赶回紫荆山营救。接着他千里跋涉回到广州，希望利用1844年清政府准许洋人传教的命令，向两广总督提出申诉，要求释放冯云山和卢六，结果是徒劳碰壁。与此同时，广大会众把烧炭得来的钱捐献出来，汇成巨款，贿买贪官进行营救。卢六不幸被折磨而死。冯云山在狱中进行了不屈的斗争。他揭露王作新“凶恶谋害之意”，伸辩自己的冤枉，并申明人人当拜上帝。更可贵的是冯云山在被囚禁的日子里，创作了一部新的历法，也就是后来太平天国所采用的“天历”。
　　在冯云山被捕以前，清政府早已十分腐朽了。从朝廷上的皇帝、大学土、军机大臣，以至各省的总督、巡抚、面对着全国到处散布起义种子的革命形势，无力予以扑灭，他们都希望偷安旦夕，粉饰升平，怕闻革命案件。州县官望风承旨，讳匿不报，遂成惯例。时桂平知县王烈见王作新以谋反大逆控告冯云山，正触上官大讳，不敢过问。但他却不肯放松云山，因为这一个大题目，正是这班如虎如狼的贪官污吏们勒索人民的大好借口，不满他们的贪壑，是决不放手的。
　　平在山烧炭农民们虽然都是饥寒交迫，但是，他们要救他们的领导同志，大家甘愿全家忍受更大的饥寒，每卖出一百斤炭就抽出一部分的炭钱积贮起来，叫做“科炭”，来救冯云山。果然集腋成裘，筹得了一笔大款，向浔州府和桂平县的贪官污吏们进行了贿赂。时卢六不幸已经在狱中瘐死了。到清道光二十八年五月间，署桂平知县贾柱才以云山教人敬天，是劝人为善，“并无为匪不法情事”，把他作为无业游民，派两个差投押解回广东花县，交原籍地方官管束。
　　冯云山在路上，把拜上帝免灾得福济世救人的道理感动了两个差投。两人不但愿意即时释放云山，而且愿抛弃差事跟随云山到紫荆山加入拜上帝会。
　　冯云山的被捕，给地方豪绅以可乘之机，他们散布流言蜚语，加上疫病流行，人心惶惶，拜上帝教一时无人主持，在这危急关头，杨秀清、萧朝贵挺身而出，假托天父、天兄“附身显圣”，以天父、天兄代言人的身份发号施令，才安定了人心，团结了会众。
　　1848年，桂平知县被迫“结案”，判定冯云山说服了两个解差，他们秘密转回紫荆山，加入了“拜上帝教”。