冯云山突然回到紫荆山，广大会众纷纷杀牛宰马表示庆贺。冯云山得知洪秀全为营救他已赴广州，于是便立即东下去找洪秀全共商大计。谁知他走后不久，洪秀全回到广西，等洪秀全又返广东时，二人才在家乡见面。1849年7月，他们一起重返紫荆山。这时候，正值广西灾荒严重，饥民遍地，起义烈火燃遍各地。拜上帝教也在和地主团练的斗争中，日益发展壮大。面对着风起云涌的革命形势，洪秀全和冯云山立即命令各地会众“开炉铸铁”，“明打犁耙，暗打刀枪”，拜上帝教进入了准备起义阶段。

金田起义
　　随着革命时机的成熟，1850年，洪秀全发布“团营”号召，各地会众纷纷向金田集中。冯云山为建立太平军，他仿照古代《周礼》中关于兵法的一些组织形式，结合太平天国革命时代特点，编制了《太平军目》，并在部队中实行“圣库制度”。1851年1月11日，太平军在金田起义。23日，洪秀全在武宣东乡“登极”称天王。冯云山被封为前导副军师，领后军主将。9月，太平军攻克永安。洪秀全在这里健全了领导体制，分封了诸王。冯云山被封为南王七千岁。平在山兄弟们再见云山,欢呼庆祝。从此拜上帝会的发展更加迅速。到清道光三十年十二月就在金田起义。
　　太平天国辛亥元年二月，洪秀全在武宣东乡称天王，立幼主，封军师，建立太平天国。封云山为前导副军师。太平天国采取以主（天王）和军师构成的政体，君主为最高元首，临朝不理政，政务由军师负责。这种把农民民主主义和君主制独特地结合在一起的政体，从太平天国起义的领导人看来，不是杨秀清、萧朝贵所能想得出的，也不是出自洪秀全的本意，只有这个熟习经史、贯通百家、具有建立新天新地宏愿的冯云山才能创制得出来。显然，在冯云山进入紫荆山区图谋革命之日就以他年建国担任军师自居的。拜上帝密谋起义时，洪秀全称天父第二子，冯云山称天父第三子，杨秀清称天父第四子，韦昌辉称天父第五子，杨宣娇称天父第六女，杨宣娇的丈夫萧朝贵称为“帝婿”，石达开称天父第七子。太平天国称呼制度，尊者为兄，卑者为弟。现存天兄圣旨，从戊申年九月间肖朝贵假托天兄下凡直到庚戍年正月天兄下凡所有说到冯云山、杨秀清、萧朝贵的地方，都把冯云山名列杨、萧之上。从这个排班来看，那时是以冯云山坐第二把交椅的。再从李秀成自述原槁所说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”的群众公认来论，冯云山也是应该第二把交椅的。只因到决定起义时，杨秀清、萧朝贵要夺取起义领导权，要夺取军师的权位，由萧朝贵假托天兄下凡，用天兄的意旨命令洪秀全、冯云山去“避吉”（太平天国讳凶为吉，避吉就是躲藏），把他们甩在一边。军师权位为杨、萧所夺。冯云山的副军师只是一个虚衔，实权都在杨、萧之手，详见萧朝贵传。