太平天国初起义时，清朝就征调全国精兵到广西来要把太平军困死在紫荆山区内。太平军要保存自己，消灭敌人，就必须有便于指挥的编制和精妙的战术，冯云山在这方面也发挥了他的卓绝的才能。他在起义前照周礼司马法制定太平军目，金田团营，就照军目编制，所以到作战时，才得收“进退分合有步伍的”功效。他又根据当前具体情况，参以古兵法进行战斗，敌人说他“其营皆散处，战亦散布”，每作战，“初则寂无人声，既而少出，又继而大至”，“且看清一步，方走进一步”。冯云山作战要旨，在于争取主动性和灵活性，先立于不败之地，故能致人而不致于人，使敌人惊骇地叫起来，说什么“凶悍诡诈，久历戎行者不独未见，并所未闻”。太平天国辛开元年八月十六夜就在桂平新墟打破敌人的封锁，虎兕出柙似地从山区冲出平原来。二十日，在平南县官村把清朝广西提督向荣率领的追兵全军击溃，于是进克永州，取得了起义后第一个城市。事具肖朝贵传中。

论功封王
　　太平天国永安封王。封冯云山为南王，所有官制、礼制都由云山制定。又在这里向全国发出讨伐清期的吊民伐罪的檄文，也都由冯云山主裁。壬子二年正月元旦，太平天国颁行冯云山创制的天历。这是中国行阳历之始，也是世界用四季历法的首创。冯云山由于从小奋志学习，对政治、军事、典章制度！以至天文、历法无不精通。他尤善于观察当前形势，进行了解和研究，随机应变，从而把那些死的知识变为活的东西，来给革命服务。群众对他的警人功绩，叹为：“如此奇才，向非天生，何以至此”！
　　壬子二年四月，太平军从桂林北出，太平天国这个被史家评为“其忠勇才德与智谋器度实为太平天国之第一人”的开创者，不幸在经过全州城时中炮牺牲。对冯云山的不幸牺牲，论史者称为：“使其不死于是役，将必可辅佐天王，裁制东王，调和各王，而于帷幄之中创谋建议领导大业以底于成”。虽然裁制东王是做不到的，但却会使东王不致于目中无人，“威风张扬，不知自忌”。他的死，确实是关系到太平天国的兴亡。
　　冯云山为创建拜上帝教并把它引向伟大的革命斗争洪流中，立下了不朽的功勋，杨秀清、萧朝贵、秦日纲等显要人物也都是他一手培养起来的，他的地位应该就是仅次于洪秀全。然而，这位功绩最为显赫的冯云山在永安封王中退居第四位呢？这是冯云山为了照顾大局，维护团结，在共同拥戴洪秀全为最高领袖的前提下，谦让而居第四的。再者，当一天和尚撞一天钟，西元1849年7月，冯云山和洪秀全重返紫荆山时，不得不承认杨秀清、萧朝贵代天父、天兄传言既成事实，这也是在极为复杂的历史演变形势面前，冯云山所作出的重要抉择。冯云山不仅是拜上帝教的奠基者，而且在太平天国起义的斗争中，协助洪秀全、杨秀清指挥战斗。他亲临前线，出生入死，充分显示了他“善于用兵”的军事才能。这一点连敌人也不得不承认冯云山具有多方面的贡献。谢介鹤在《金陵甲癸纪事略》中曾称冯云山为“奇才”，太平天国初期的文书上谕“悉出主裁”，初期的革命文书《太平军目》、《太平礼制》、《天父诏书》皆出其手。太平天国革命文献《醒世文》说他：“南翼军师为辅佐，前导开国扶圣君，克取省郡如反掌，开疆拓土功劳深。”
　　1852年4月，太平军从永安突围。6月3日攻克全州。在全州战役中，南王冯云山不幸中炮负伤。不久，死于蓑衣渡。