回到北京后，郭嵩焘受到“降二级调用”的处分，虽仍回南书房，但实际已是闲人，被冷落一旁。他在给曾国藩的信中抱怨说：“久与诸贵人周旋，语言进退，动辄生咎。”此番整顿山东沿海税收的失败，固然与郭嵩焘不知通权达变，不注意协调极为复杂的各方关系，认为只要严于律己一心为国，便可雷厉风行，不顾一切采取强硬措施反贪等有关，但根本原因还是社会、官场已从根腐败，他的作为实际上是与整个社会风气和官场成例冲突。其实，他在评价肃顺屡兴大狱、以严刑峻法整顿吏治时说得很清楚：“国家致弊之由，在以例文相涂饰，而事皆内溃；非宽之失，颟顸之失也。”今一切以为宽而以严治之，究所举发者，仍然例文之涂饰也，于所事之利病原委与所以救弊者未尝讲也。是以诏狱日繁而锢弊滋甚。”“向者之宽与今日之严，其为颟顸一也。颟顸而宽犹足养和平以为维系人心之本，颟顸而出之以严，而弊不可胜言矣。”“故某以为省繁刑而崇实政为今日之急务。”

　　同治元年（1862年），授苏松粮储道，旋迁两淮盐运使。次年，署理广东巡抚，镇压广东境内的太平军残部。

　　同治五年（1866年），因与两广总督瑞麟不合而罢官回籍，在长沙城南书院及思贤讲舍讲学。

　　奔波洋务

　　光绪元年（1875年）初，经军机大臣文祥举荐，再度出山，授福建按察使。时清政府筹议兴办洋务方略，郭嵩焘慨然命笔，讲自己办洋务的主张和观点写成《条陈海防事宜》上奏。认为将西方强盛归结于船坚炮利是非常错误的，中国如果单纯学习西方兵学“末技”，是不能够起到富国强兵的作用的。只有学习西方的政治和经济，发展中国的工商业才是出路。郭嵩焘因此名噪朝野。恰在此时，云南发生“马嘉理案”，英国籍此要挟中国，要求中国派遣大员亲往英国道歉，清政府最后制派郭嵩焘赴英“通好谢罪”。八月，清廷正式加授郭嵩焘为出使英国大臣，这也是中国历史上第一位驻外使节。消息传开，顽固派纷纷指摘、讥讽，更有文人编了一副对联讽刺郭嵩焘：“出乎其类，拔乎其萃，不容于尧舜之世；未能事人，焉能事鬼，何必去父母之邦。”只有李鸿章为他撑腰。