任职朝中

　　咸丰六年（1856年）年末，他离湘北上，到京城任翰林院编修。在北京，他深得权柄赫赫的户部尚书肃顺的赏识。肃顺性情刚严，以敢于任事著称，主张以严刑峻法改变当时吏治腐败的状况，屡兴大狱，惟严是尚，排除异己，但由于他深得咸丰帝倚重，其他人对他是敢怒不敢言。与其他满族权贵猜忌、排挤汉人不同，他却主张重用汉族官僚，对以曾国藩为首的湘系尤其重视。由于肃顺的推举，郭嵩焘在不长的时间内就蒙咸丰帝数次召见，自然受宠若惊。咸丰帝对他的识见也颇赏识，命他入值南书房。咸丰帝还对他说：“南斋司笔墨事却无多，然所以命汝入南斋，却不在办笔墨，多读有用书，勉力为有用人，他日仍当出办军务。”不久，咸丰帝就派他到天津前线随僧格林沁帮办防务。

　　咸丰九年（1859年）年初，郭嵩焘来到天津。但僧格林沁根本不把郭嵩焘放在眼里，对他非常冷淡。而郭嵩焘本就文人气十足，再加自己是咸丰帝亲派，并且明确他与僧格林沁是“平行”，因此两人合作极不愉快。同年十月中旬，郭嵩焘又奉命前往烟台等处海口查办隐匿侵吞贸易税收情况，僧格林沁派心腹李湘作为会办随行。虽然他无钦差之名，但所到之地大小官员都知道他是皇上亲派检查财务税收的大员，因此对他的接待格外隆重，并都备有厚礼。没想到郭嵩焘向来清廉方正，严于律己，规定“不住公馆，不受饮食”，更不受礼。那些地方官也尴尬不满。到山东沿海各县后，他认真查账，发现从县官到普通差役几乎人人贪污税款，贿赂公行，而且税外勒索严重惊人，超过正税四倍之多。他立即采取种种有力措施整顿税务，堵塞漏洞，并设局抽厘。尽管如此，这次税务整顿仍然大有成效，查整了一批贪官污吏，增加了政府税收。十二月底，僧格林沁以郭嵩焘未与会办李湘同办、未与山东巡抚文煜面商便派绅士设局抽厘以致民变为由，上奏要求弹劾郭嵩焘。咸丰十年（1860年）元月，郭嵩焘被迫离开山东返京，悲叹“虚费两月搜讨之功”，“忍苦耐劳，尽成一梦”。返京途中他备受冷遇，与来时一路的隆重迎送恰成鲜明对照，使他饱尝世态炎凉。