因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。

　　万历十七年（1589），朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财。

　　万历二十五年（1597），右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。万历四十年（1612），南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。万历四十五年（1617）十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。”

　　万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。

　　与世长辞

　　就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。万历四十四年（1616）正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁。自此明朝辽东的形势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上明神宗用人不当，明军屡屡败北。

　　万历四十七年（1619）三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成。辽东战争每年约需银四百余万两，朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，自万历四十六年九月起，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始。加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，纷纷投入反对明朝的革命洪流。朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展。