这时候的张居正一家，已经被抄家。张府人口，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十余口，张居正80岁的老母还是在首辅大学士申时行的请求下才留有一所空宅和10顷田地。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到一手扶持的神宗如此无情的惩处。朱翊钧这种一百八十度的态度转变是他长久处于张居正约束下的发泄，同样也是自己开始亲政的基础，推倒张居正，也就树立了皇帝自己的权威。

　　军事

　　●平定哱拜

　　万历二十年（1592），哱拜和哱承恩父子在宁夏银川反叛（哱拜是蒙古鞑靼部人，降明以后做副总兵。他的儿子叫哱承恩，承袭父爵，做了指挥使），朱翊钧果断决定平叛。派去平叛的军队攻打了几次都没有取胜，万历皇帝又派李成梁的儿子李如松为总兵，率军平叛。李如松派人决黄河水灌城，城外积满了水，城被冲开一个口子；李如松乘势下令攻城，一举平息了哱拜之乱。

　　●援朝抗倭

　　从万历二十年（1592）到二十七年（1599），朝鲜遭到日本侵略，王京陷落，八道失陷七道，仅靠近明朝边境义州一带尚存。朝鲜危急，请求明朝援助，“请求援助的使者，在路上络绎不绝”。朱翊钧鉴于唇亡则齿寒，决定派兵到朝鲜，援朝抗倭。这场战争时断时续，前后进行了七年多。最后，日本因丰臣秀吉去世，将侵朝日军撤出朝鲜，明军战胜而归。

　　●勘定播州

　　万历十七年（1589），播州（播州就是今贵州遵义地区）宣慰司使杨应龙发动叛乱，朱翊钧派兵平叛。这场战争时断时续，一直到万历二十八年（1600），最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱。

　　●用兵女真

　　万历四十六年（1618）四月十三日，建州女真首领努尔哈赤发布“七大恨”，起兵反明，建立后金政权。女真兵克抚顺，朝野震惊。

　　万历四十七年（1619），辽东经略杨镐四路进攻努尔哈赤，在萨尔浒之战大败，死四万余人，开原和铁岭沦陷，首都燕京震动。朱翊钧用熊廷弼守辽东，屯兵筑城，才稍稍将东北局势扭转。

　　经济

　　●清丈田亩