同年，朱翊钧下诏允许利玛窦等人长居北京。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最著名的，也是后来影响最大的是进士出身的翰林徐光启。

　　除利玛窦外，明末来中国的著名传教士还有意大利人熊三拔、艾儒略，日耳曼人汤若望，瑞士人邓玉函，西班牙人庞迪我等。

　　这些传教士在中国传播西方天文、数学、地理等科学技术知识。对于当时中国社会经济文化的发展起了一定的促进作用，对于中国士大夫阶层中的少数先进分子，起了一种唤醒的作用。对中西交流作出了重要贡献，传教士把在中国所经历的写到西方去，引起西方巨大的反响，对日本和朝鲜半岛上的国家认识西方文明也产生了重要影响。

　　●中英交流

　　万历二十四年（1596），时任英国女王伊丽莎白一世写了一封亲笔信，派使者约翰·纽伯莱带给明朝万历皇帝，信中表达了英中两国更好开展贸易往来的愿望。可惜的是，约翰·纽伯莱在途中遭遇不幸，虽然信件没有丢失，但却成了伊丽莎白一世的终身遗憾。此后，信件被英国国家博物馆收藏。

轶事典故

　　父子亲情

　　有一次明穆宗在宫中骑马驰骋，朱翊钧拦住马对明穆宗说道：“父皇是天下的共主，万一出了闪失，如何向天下交代呢？”明穆宗听到这番话，赶紧下马，抱起朱翊钧走入宫中。

　　少时聪颖

　　神宗登基之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们以深刻的印象。他的声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅。从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主。他自己说过他在5岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在3岁至4岁之间。巴力尽管如此，在他御字之初，由于年龄太小，临朝时还需要在衣袖里抽出一张别人事先为他书写好的纸片，边看边答复各个官员的呈奏请示。他自然不能完全明白纸片上所写答语的含义，而只是一个尚未成年的儿童在简单地履行皇帝的职责。