高拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人。同时，在经济和政治方面的问题也堆积如山。面对着这些重重的困难，这个万历帝没有畏缩不前，为了“皇图永固”，他以“少年天子”的气派，牢牢抓住“用人唯我”、生杀予夺在朝廷这根权柄，励精图治，推行新政，朱翊钧在位前十年中很有所作为。

　　励精图治

　　张居正为内阁首辅以后，朱翊钧将内廷的事务托给冯保，“而大柄悉以委居正”。对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。隆庆六年（1572）六月十九日，张居正刚刚走马上任几天，朱翊钧就在平台（即后左门）单独召见他，共商大计。由于明穆宗在位从没有召见过大臣，所以这事在当时曾引起轰动，使廷臣看到朱翊钧承业治国的精神和决心，又大大提高了张居正的威信。朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万历新政。政治改革的主要措施，是万历元年（1573）推行的章奏“考成法”。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。神宗说：“事不考成，何由底绩。”其时，因为朱翊钧年幼，对祖制还不十分明白，不晓得个中的利害关系。后来，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，这无疑是一个重要原因。

　　经济领域的改革，一是清丈全国田亩；二是推广“一条鞭法”。万历六年（1578）十一月，朱翊钧下令在福建行省进行试点。至万历八年（1580）九月，福建“清丈田粮事竣”。朱翊钧与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈。户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地。至万历十年（1582）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷。推广“一条鞭法”，是当时经济改革的又一个重要举措。万历九年（1581），一条鞭法已在全国各地“尽行之”。这标志着整个张居正改革已经取得了重大胜利。