鼓吹革命
　　光绪二十五年（1899年）夏天，章太炎东渡日本，在京都、东京等地为反清做准备，并与梁启超等人修好，之后返回上海参与《亚东时报》编务工作。此时章太炎的排满观和古文经立场日益明确，在苏州出版了其著作《訄书》的第一版，由梁启超题签。

　　光绪二十六年（1900年），义和团运动爆发，八国联军侵华等相继发生，慈禧太后等顽固派的卖国原形暴露无遗，章太炎受到极大震动，从维新梦中醒来。7月，在上海召开的中国议会上，他激烈反对改良派提出的“一面排满，一面勤王”的模糊口号，“宣言脱社，割辫与绝”，撰《解辫发》以明志。对过去设想的“客帝”、“分镇”也进行了纠正，说是“余自戊、己违难，与尊清者游而作《客帝》，饰苟且之心，弃本崇教，其违于形势远矣”。进而提出：“满洲弗逐，欲士之爱国，民之敌忾，不可得也。浸微浸削，亦终为欧、美之陪隶已矣。”接着，章太炎树起反清的旗帜，开始向改良派展开斗争。光绪二十七年（1901年），章太炎在东京《国民报》发表《正仇满论》，尖锐批判梁启超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛于革命，而思以宪法易之者，为其圣明之主耳。”

　　光绪二十八年正月（1902年2月），章太炎再次被追捕，流亡日本。初住横滨，后入东京，和孙中山结识，他们共同商讨推翻清朝之后的典章制度和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。6月，章太炎返回祖国，为上海广智书局修改他的译文，曾译述日本岸本能武太所著《社会学》。他还修改了《訄书》，并立下了编修《中国通史》的志向，认为“所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气，启导方来为主，则亦必于纪传见之” 。

　　光绪二十九年二月（1903年3月），章太炎到中国教育会赞助成立的上海爱国社任教。这时，抗法拒俄运动展开，革命形势发展，而康有为却发表了《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》和《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》，反对革命党公开攻击满族统治者，以为立宪可以避免革命造成的惨剧，鼓吹光绪帝复辟。章太炎看到后，公开批驳康有为，指出康有为所谓的“满汉不分，君民同治”，实际上是“屈心忍志以处奴隶之地”。光绪帝只是“未辨菽麦”的“小丑”，他当初赞成变法，不过是“保吾权位”，如果一旦复辟，必然将中国引向灭亡。章太炎赞美革命：“公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。革命非天雄、大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣。”他又为邹容《革命军》撰序，说是“夫中国吞噬于逆胡二百六十年矣，宰割之酷，诈暴之工，人人所身受，当无不昌言革命”。