何如璋对当时关税不能自主，洋货充斥，金银大量外流，国势因而日弱，深感痛心，便向朝廷上《奏陈务请力筹抵制疏》，阐明“涓涓不塞，将成江河，迨至势穷害极，强邻益逼，上无可筹之饷，下无可练之兵，反悔奚复及乎?”不久，日本要求与我内地通商，他又向清廷上《内地通商利害议》，说日本是要攫取中国的资财，以补偿与西欧列强贸易的损失。日货都是中国有的，两国相邻，运输途短，成本自低，若准其与西欧各国同享低关税和在内地通商的优待，日货势必大量倾销，中日贸易本已入超两百余万两，若再许其直输内地，入超将增至一千余万。对此严重情况，何如璋焦急万分，便奏请不准日本到我国内地通商的要求，朝廷终于接纳了他的意见。

　　何如璋使日期间，看到日、俄两国对我国邻邦朝鲜的觊觎，便向清总署上《主持朝鲜外交议》，提出对加强控制朝鲜的三项策略。当年山西闹大饥荒，数百万居民陷于水深火热之中，看到这种情况，何如璋心急如焚，上书李鸿章，请移饥民十余万至东三省，以充实边防。日本明治维新后政治、经济方面所产生的变化，给何如璋留下深刻的印象。他认为，要使中国富强，就要效法日本的维新，只有这样才能抵制列强。他不仅极力推荐同乡黄遵宪，同赴日工作，并积极鼓励黄遵宪撰写《日本国志》。该书对后来康有为、梁启超的戊戌变法有很大的影响。

　　何如璋使日4年，对日本统治阶层的侵略本性作了一些必要的揭露，而对广大的日本人民，则始终坚持睦邻友好。日本朝野名士对他都十分推崇，经常与他和诗、笔谈或请他写条幅、扇子作为珍玩。他为祖国争公理、抗强权、不计较个人的荣辱得失，又能坚持睦邻友好，不负国家期望，在清末的几位驻外使节中，何如璋是出色的外交家。他在使日期间，身居异国，对祖国发生的事，总是十分关切，遇到外人有不利祖国的举动，他总要上书直陈己见。他针对日本侵占琉球野心的上书“琉球既灭，行及朝鲜。”十余年后，果生甲午之祸，这不但可见何如璋的爱国之心，也可以看出他的远见卓识。

　　何如璋归国后，于光绪九年(1883)九月，出任福建船政大臣，主管马尾造船厂。这是一个既无经费又无人才的单位，尽管何如璋多次建议，也无法改变清海军落后的状况。