康熙二年（1664）前后，龚贤的继妻及其他亲人相继有八人去世，他受到沉重的打击。人到暮年，日常生活依靠自己妹妹料理，“补衣烦老妹，依仗赖娇儿”（王懋林《虎踞关访龚半千半亩园》）。康熙二十八年（1689），龚贤病卒于南京半亩园，年约七十岁。在龚贤去世前，有一个显然是颇有权势的“豪横”向龚贤强索书画，龚贤贫病交加，再逢精神磨难，致使卧床不起，不久便含恨长逝。死后因贫不能具棺葬，丧事全凭好友孔尚任料理，并帮其抚养遗子。龚贤遗柩后归葬龚贤祖籍江苏昆山邑西之渡桥镇。
病中的龚贤曾向孔尚任讲了许多官场上令人痛恨的事。孔尚任十年后完成的名剧《桃花扇》，其中许多内容就是龚贤在南京的亲身经历。孔尚任曾作《哭龚半千》诗四首，其三曰：“尺素忽相投，自言罹大病。缘有索书人，数来肆其横。问我御暴方，我有奚权柄？哀哉末俗人，见贤不知敬！郁郁听其亡，谁辨邪与正？”
个人成就
绘画
龚贤是位既注重传统笔墨又注重师法造化的山水画家。其创作以五代董源、巨然的画法为基础，以宋初北方画派的笔墨为主体，参以二米（米芾、米友仁父子）、吴镇及沈周等人的笔风墨韵，同时结合自己对自然山水的观察和感受，形成了浑朴中见秀逸的积墨法，不同于清初以王时敏为首的“四王”所倡导的笔笔有古意的创作格法。作品多写金陵山水，长于用墨。
龚贤喜用老辣朴拙的笔触，沉着稳重，秃笔与尖笔兼用。秃笔，取之圆润苍劲，勾屋，皴擦，画树和点苔苍老有力。龚贤用笔在主张“欲秀而老”，秀而老就是准确、简练而流畅有变化。画家程正揆在赠龚贤的诗中道：“铁干银钩老笔翻，力能从简意能繁”，这很好地点出了龚贤在用笔上的特点和成就。他提出笔法、墨气、丘壑、气韵作为画家四要，主张作画要中锋用笔，并且要古、健、老、苍，才能避免刻、结、板之病，颇为精辟。龚贤用墨，以层层积墨见长，虽不用泼墨，实具有泼墨烟润淋漓的效果，颇有宋人的用墨特点。其画山石树木中锋用笔，苍劲古厚，并用积墨法作反复皴擦积染，多至十几层，墨色极为浓重，但仍有深浅、浓淡、明暗等细微变化，山石树木往往浑融一体，仅在阳面或轮廓边缘处留出些许高光和坚实的轮廓，效果强烈，具有浑厚、苍秀、沉郁的独特风格，成功地表现了江南山水茂密、滋润、幽深的特征。龚贤作画最善用墨，主张墨气要厚、润，他发展了积墨画法，龚贤精研此法是追求一种苍润的境界，他以干笔作墨骨，再以层层皴染包润之，令山林树木呈现出鲜润沉厚的墨韵，使画面湿润厚重之感，这种画法适于表现江南湿意浓重的山水景色，同时也使龚贤的绘画具有了一种深郁静穆的格调。龚贤的画法分两类，世称“墨龚”和“白龚”。他善用黑白对比的技法，前者浓密苍茫，后者简淡雅洁。他在《半千课徒画说》中称：“非黑，无以显其白；非白，无以利其黑。”又如《平远小景》图（册页，纸本水墨）中所画的房屋，简洁明丽，在周围笔墨的映衬下，洁白的屋墙似乎透出光亮。此处即用黑白对比的技法。
