雍正帝即位，西南各省地方官纷纷上奏，要求解决这一重大问题。众臣认为，解决问题唯一办法是“改土归流”，即取消土司制度，改为一律由中央政府派官的流官制度。恰在此时，雍正帝任命鄂尔泰为云贵总督封正南为都统，目的就是让他去解决土司之患。鄂尔泰所部军队刚刚扎营，便遭土司甲兵骚扰，营房亦被焚烧。经过调查研究，他感到发兵出击，只能解决暂时的问题，若从长远计议，必须彻底根除土司统治制度，坚决实施“改土归流”方针大计。他在奏折中阐述“改土归流”的原则：以用兵为前锋治其标，以根本改制治其本。对敢于反抗的土司，剿抚并用，顽抗到底者坚决剿灭；只要悔改，对抗过官兵的土司也一律宽免。重点策略是促土司投献，投献者给以安抚，表现好的可任其政府的流官，尽量减少敌对情绪，减轻“改土归流”的阻力。鄂尔泰的奏疏使雍正对实行“改土归流”下定了决心。

　　督察三省

　　雍正四年（1726年）十月，鄂尔泰获得云贵总督实职，加兵部尚书衔。鄂尔泰对向官兵挑衅的广顺长寨土司用兵，土司负隅顽抗，遭到毁灭性的打击。长寨土司被摧毁，鄂尔泰奏准派流官治理，在此设长寨厅（即今长顺县）。这是鄂尔泰进行大规模“改土归流”的胜利开端。长寨事定，雍正帝在批复派遣长寨厅的第一个流官的同时，破格升任鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督。因为这三省改流的任务最重，由鄂尔泰受命后，立即全面了解三省特点及三省土司情况，进一步制定了改流和用兵的计划。他对土司用兵，政策性极强，轻重缓急，把握得当。长寨地区改土之时，各处土司态度都很凶横，官兵所到，土司皆挟众反抗。鄂尔泰命总兵挥师挺进，攻陷一个个塞垒，坚决镇压敢于反抗的大小土司，很快便征服了永宁、永安、安顺等1398寨，广顺、定番、镇宁等680余寨，战果辉煌。

　　镇沅地区土司刀瀚、沾益土司安于蕃，是前朝被任命的土知府和土知州，他们以朝廷命官身份招募军队，既扩充了他们的势力，又毁坏了官府的形象。鄂尔泰发兵进击，活捉了刀瀚、安于蕃。在其地分设镇沅州（今镇沅县）、沾益州（今沾益县），以流官取代了土司。随后，鄂尔泰置函劝乌蒙、镇雄二地土知府向官兵自动投献。两地土司禄万钟、陇庆侯不仅不降，反而联合对抗官兵，不待官兵行动即攻掠东川府清军营盘，气焰十分嚣张。鄂尔泰命游击哈元生率兵征讨，并咨文川军协助进剿，一举击败二土司联军，遂又对二地改流，设乌蒙府（后改称昭通府）和镇雄州（今镇雄县）。