庆元三年（1197年），叶适为御史胡纮所劾，降两官后罢职，主管冲佑观，差知衢州，叶适推辞，由镇江归永嘉。十二月，朝廷立《伪学逆党籍》，名单上共有59人，叶适在其中。

　　庆元五年（1199年）夏，叶适得异疾。

　　庆元六年（1200年），叶适在永嘉。四月，岳父高子莫病逝于永嘉，叶适因病不能执丧。

　　嘉泰元年（1201年），叶适起为湖南转运判官，带病赴任。

　　嘉泰二年（1202年），弛伪学、伪党禁。叶适改知泉州（属福建）。

　　嘉泰三年（1203年），叶适赴任。同年九月，应召入对，对宁宗说：“治国以和为体，处事以平为极。臣欲人臣忘已体国，息心既往，图报方来可也。”此言为宁宗所称许。授权兵部侍郎，荐楼钥、丘崈、黄度三人。皆为郡守。十一月十一日，其父叶光祖病逝，叶适回永嘉守制。

　　嘉泰四年（1204年），叶适在永嘉编定《外稿》凡六卷。

制置江淮

　　开禧元年（1205年），韩侂胄加平章军国事，下令各军密作准备，即将北伐金国。

　　开禧二年（1206年），叶适守制期满，召至临安，对北伐提出异议，韩侂胄不听。上书宁宗，提出“备成而后动，守定而后战”，改授叶适为权工部侍郎。韩侂胄部署北伐大军已定。改任叶适权吏部侍郎，兼直学士院。叶适力辞兼职，不肯草诏。

　　五月，下诏北伐。叶适建议防江，韩侂胄又不听。

　　同年，四路北伐大军皆败，只有镇江副都统制毕再遇连战皆捷，但也无法转变败局。叶适乞节制江北，朝廷在六月以叶适为宝谟阁待制、知建康府兼沿江制置使，兼节制江北诸州。

　　十月，金兵分九路南下，大将仆散揆率主力长驱直入，至长江边，与叶适对峙。在和州、滁州等地战斗中，他用劫砦等灵活的战术，给金人以重创。年底，金兵大部退出两淮，留一军驻濠州（今安徽凤阳附近）。

　　开禧三年（1209年）二月，朝廷进叶适为宝文阁待制，兼江淮制置使。叶适在长江以北屯田，并在江北建定山、瓜步、石跋三大堡坞，安集流民，建立以江北守江的防御体系，一面屯垦，一面积极备战。当时朝廷与金议和，叶适认为不必。

夺职奉祠

　　开禧三年（1209年）十月，礼部侍郎史弥远及杨后谋杀韩侂胄，取其首级，以向金人求和。之前谄事韩侂胄的许及之及御史中丞雷孝友弹劾叶适，罪名是“附韩侂胄用兵”，叶适因此被夺职奉祠，回到永嘉。

潜居水心

　　嘉定元年（1208年），叶适定居水心，杜门家居，悉心讲学十六年，著《习学记言序目》五十卷。学生中有宰相王淮之侄王植和黄岩人柯大春等。问学者有著名人物如永嘉四灵、永嘉薛师石、瑞安曹豳，还有台州、余姚、福建等地来受业的学者。南宋学者刘宰记述叶适讲学情况，称“叶水心在永嘉，户外之履常满，盖其师友相从，亦徘徊而不忍去”。

　　嘉定四年（1211年），转中奉大夫，提举江州太平兴国宫，获祠禄，其后奉祠凡13年。十二月，夫人高氏病逝，终年五十二岁。

　　嘉定五年（1212年），叶适再提守淮之议。

　　嘉定八年（1215年），提举隆兴府玉隆万寿宫。

　　嘉定十年（1217年），除华文阁待制，提举西京嵩山崇福宫。

　　嘉定十一年（1218年），转中大夫。奉祠居家，著述讲学。

　　嘉定十三年（1219年），请求致仕，亦未准许。

　　嘉定十三年（1220年），《习学记言序目》大致成书。

　　嘉定十四年（1221年），转大中大夫，除宝谟阁直学士，提举凤翔府上清太平宫。辞，未准。

　　嘉定十五年（1222年），转通议大夫。仍奉祠居家，著述讲学。

　　嘉定十六年（1223年），除敷文阁学士，提举南京鸿庆宫，乞致仕，除宝文阁学士，转正议大夫。正月二十日（2月21日），叶适于永嘉辞世，终年七十四岁，获赠光禄大夫，谥号“文定”（一作忠定）。