淳熙十五年（1188年），林栗发起对朱熹的攻击，叶适上《辨兵部郎官朱元晦状》，为朱熹伸张，说从郑丙、陈贾到林栗，以道学之名指斥朱熹，是没有道理的，是小人残害忠良的惯用的手法。

　　淳熙十六年（1189年）二月，孝宗禅位，太子赵惇即位，是为光宗。叶适作为太常博士，对仪礼颇预讨论。五月，叶适任秘书郎，仍兼实录院检讨官。作《上光宗皇帝札子》，言国家有六不善，即：今日之国势未善，今日之士未善，今日之民未善，今日之兵未善，今日之财未善，今日之法度未善。叶适说：“不先明治国之意，使此六者本伤而末坏，心蠹而枝披，支离而涣散，而臣之议论无所复用矣。”可是仍然毫无反应。后自求外调，由秘书郎出知蕲州（今湖北蕲春），六月离永嘉赴任，陈亮送至瓯江边，作词《祝英台近·六月十一日送叶正则如江陵》。到任后，朝廷又命叶适兼提举淮西铁冶司。

绍熙内禅

　　绍熙三年（1192年），叶适由蕲州入都，任尚书左选郎。

　　当时光宗许久不朝孝宗，群臣为促请光宗朝重华宫的太上皇，可说是费尽心机，陈傅良痛哭于庭，甚而引裾求光宗朝重华宫；太学生也上书。绍熙三年（1192年）十一月，叶适等上疏，请光宗朝重华宫，光宗不从。

　　绍熙五年（1194年）六月，太上皇孝宗在孤寂中病逝，光宗竟称疾不执丧事，又引发出朝政危机。赵汝愚及叶适等人，通过外戚韩侂胄请宋高宗皇后吴氏垂帘，尊光宗为太上皇，立嘉王赵扩即帝位，是为宁宗，叶适因功迁为国子司业。

庆元党禁

　　宁宗即位后，朝中又展开新的斗争。赵汝愚为相，韩侂胄自恃立宁宗有功，为自己仅迁枢密院承旨，很不满意。叶适劝赵汝愚满足韩侂胄求节钺之望，赵汝愚不从。叶适于是力求补外，以太府卿出为总领淮东军马钱粮。九月，应召赴临安，除焕章阁待制，兼侍讲，十月到职。闰十月，宁宗御批除叶适宫观职，于是离开临安。

　　此后，韩、赵的斗争不断激化，韩侂胄及其周围一批人，排斥打击赵汝愚、朱熹、叶适等。赵汝愚被贬死于衡阳，叶适也受到牵连。韩侂胄说朱熹提倡的学术是“伪学”。由“伪学”之禁，演变成反对“逆党”所谓的“庆元党禁”。