归家讲学

　　万历二十三年（1595年）二月，高攀龙在赴任七个月后以事假归家，不久遭遇亲人病故，于是不再出仕。此后在家乡讲学二十余年，虽有言官多次推荐，但皇帝并不理会。

　　高攀龙在漆湖之畔（今蠡湖东岸）建造一座“水居”，取名“可楼”，作为自己读书静坐的场所。除刻苦钻研外，高攀龙还参与讲学，很快成为一代儒学宗师。当时高攀龙与顾宪成志同道合，交谊颇深。万历三十二年（1604年），在常州知府和无锡知县的支持下，高攀龙与顾宪成等人发起重建了东林书院，并每年举行“东林大会”。初由顾宪成主持，万历四十年（1612年）顾宪成去世后改由高攀龙主持，直至天启五年（1625年）书院被拆毁为止。当时朝野内外的士大夫无论认不认识他们本人，提起高、顾都是一致称赞。

　　高攀龙在讲学过程中以自己的政治理想和人格标准来评议朝政，裁量人物。当时许多与他们志趣相近的在野士大夫闻风响附，纷至沓来。在朝的李三才、赵南星、邹元标、杨涟等正直官员也与他们互通声气，遥相应和。东林书院实际上已成为社会舆论的中心。反对派对此十分忌恨，诬之为“东林党”，污蔑他们是假借讲学以结党营私。

复起为官

　　万历四十八年（1620年）七月，神宗去世，皇太子朱常洛即位，是为明光宗。明光宗在位一月驾崩，长子朱由校即位，是为熹宗。

　　熹宗即位后，东林党人因拥戴有功而重新崛起。高攀龙被任命为光禄寺丞，天启元年（1621年）又进封为光禄少卿。天启二年（1622年）正月，关外重镇广宁（今辽宁北镇）失陷，明军被迫退缩到山海关一线。消息传来，朝野震惊，人心惶惶。高攀龙接连上书要求革新政治，以挽救国家濒危的命运。他在《破格用人疏》中提出要破格用人，加强战守之备，并推荐礼部右侍郎孙承宗担任防御大臣，负责处理战事。他的意见得到皇帝首肯。孙承宗也不负众望，收复了广宁和辽河以西的土地，边境平静了四年之久。

　　天启二年（1622年）四月，高攀龙上疏追论三案（梃击案、红丸案、移宫案），要求惩治郑养性、李如桢、崔文升等人。奏疏上达，皇帝不悦而责备高攀龙多言，但最终仍将郑养性谴归原籍。