正统六年（1441年）上书说：“现在河南、山西都积蓄了数百万斤粮食。请在每年三月份时，令府州县报上缺少食物的下等民户，然后按分额支给他们粮食，先给豆类和高粱，其次给小米和麦子，最后给稻谷，等秋收后偿还。因年老有病以及贫困而不能偿还的则给予免除。州县官吏任期已满应当升迁的，如果预备粮不足，不能离任。还要命令风宪官员经常监察。”皇上下令施行。河南黄河沿岸，经常被洪水冲开缺口。于谦令加厚建筑堤坝，每个乡里都要设亭，亭设亭长，责令其督率修缮堤坝。又命令百姓种树挖井，结果当地榆柳夹路，行人也不再受渴了。大同孤立在塞外，按抚山西的官员常走不到，于谦请另设御史来治理。又把镇边将领私人开垦的田地全部收为官家屯田，以资助边防开支。于谦的恩威远为流行，太行山的盗贼为此而不敢露面。

巡抚晋豫
　　正统年初，杨士奇、杨荣、杨溥主持内阁朝政，都很重视于谦。于谦所奏请的事，早上上奏章，晚上便得到批准，都是“三杨”主办的。但于谦每次进京商议国事时，都是空着口袋进去，那些有权势的人不能不感到失望。

　　到了“三杨”已经去世，太监王振开始掌权，作威作福，肆无忌惮地招权纳贿。百官大臣争相献金求媚。每逢朝会期间，进见王振者，必须献纳白银百两；若能献白银千两，始得款待酒食，醉饱而归。而于谦每次进京奏事，从不带任何礼品。有人劝他说：“您不肯送金银财宝，难道不能带点土产去？”于谦潇洒一笑，甩了甩他的两只袖子，说：“只有清风。”还特意写诗《入京》以明志：绢帕蘑菇及线香，本资民用反为殃。清风两袖朝天去，免得闾阎话短长。后于谦入朝，推荐参政王来、孙原贞。

　　通政使李锡逢迎王振的指使，弹劾于谦因为长期未得晋升而心生不满，擅自推举人代替自己。把他投到司法部门判处死刑，关在狱中三个月。后来百姓听说于谦被判处死刑，一时间群民共愤，联名上书。王振便编了个理由给自己下台，称从前也有个名叫于谦的人和他有恩怨，说是把那个“于谦”和被关起来的于谦搞错了，才把于谦放出来，降职为大理寺少卿。后囚山西。