范子渊疏浚黄河工程，知制诰熊本巡察后发现不对劲，被范子渊弹劾，蔡确弹劾熊本党附文彦博，熊本被罢黜，蔡确代替他为知制诰、知谏院兼判司农寺。熙宁九年（1076年）十月，王安石罢相，由吴充接任。三司使沈括拜见吴充谈论免役法在两浙路的实行不利于民，应当加以更易。蔡确上疏弹劾：“沈括既然觉得免役法需要变更，为什么当年不在他检正察访的时候说，现在却在不属于他管的时候说？他身为近臣，既然眼见朝廷的法令有不当之处，却不公开在朝廷上说出来反而在私底下告诉宰执大臣？他岂是为了朝廷好，只是想要依附大臣，为自己的利益着想罢了。他这是觉得王安石罢相了，新法就可以动摇了。希望陛下对他加以治罪”。沈括因此被贬黜为宣州知州。

　　相州有三个人以“劫盗杀人”的罪名被当地判处为死罪。但审刑院经过复查后发现这是个错判了的案子，其中的两名从犯不应当被判处死罪。便要求相州改判，但此时两名从犯都已经被处决了。此事牵连到了审理此案的相州观察判官陈安民，陈安民的亲姐姐是文彦博儿子文及甫的生母，而文及甫是左相吴充的女婿。于是陈安民为了消灾弭祸，一面让下属用钱贿赂大理寺上下官员，一面让文及甫请吴充之子吴安持帮忙。蔡确认为事关大臣，不是开封府可以了结的，于是移交给了御史台，杜绝了官官相护的官场人情。后来，右相王珪力荐蔡确参与审理（史书说他“锻炼成狱”，成了他被污为奸臣的证据之一。）因此事，蔡确被擢升为御史中丞、领司农寺，新法中的“常平、免役皆成其手”。左相吴充想废止新法，蔡确说：“曹参与萧何有矛盾，等到曹参代替萧何为相，却遵从萧何指定的法令。现在陛下主持变法，怎么能允许吴充因与王安石的私怨而废除呢？”

　　元丰五年，拜尚书右仆射兼中书侍郎（神宗元丰改制，此为右宰相官名即次相）。当时富弼居住在西京洛阳，上疏说蔡确是小人，不可以重用。当初议定官制时，大致是仿照《唐六典》，不论事情大小，都由中书省取旨，门下省审核，尚书省执行，三省分班奏事，权归中书省。蔡确对王珪说：“您任宰执这么长时间，必然会是中书令。”王珪深信不疑。蔡确却对皇帝说：“三省的长官位高权重，不需要设置长官，只需要让左右仆射分别兼任两省侍郎就可以了。”皇帝认为他说的很对。因此蔡确名义上是次相，实际上却大权在握，王珪虽然是尚书左仆射兼门下侍郎（神宗元丰改制，此为左宰相官名即首相），但也只能拱手听命罢了。皇帝虽然按照顺序任命王珪、蔡确为相，却不加以礼重，多次因为小错对他们处以罚金。每次受罚就去宫门谢罪。宰相受罚金并去宫门谢罪，是前所未有的，人们都认为这事可耻。