英宗继位之初，就身患疾病，由曹太后垂帘听政。因英宗非仁宗亲生，即位后又想有所作为，而曹太后思想较为保守，加之个别内侍从中挑拨，致使两宫生隙。最高统治集团内部的矛盾，很可能会带来严重的政治危机。韩琦作为宰相，为缓解两宫矛盾，解决政治危机，费尽了心力。他一面劝说太后，一面安慰英宗并以舜帝之孝谏曰：“自古圣帝明王，不为少矣，然独称舜为大孝。凯其余尽不孝也？父母慈爱而子孝，此常事，不足道，惟父母不慈爱而子不失孝，乃可称耳。政恐陛下事太后未至，父母岂有不慈爱者！”英宗听后，很受感悟，自此不再怨说太后，两宫关系渐趋和好。不久，曹太后撤帘还政，北宋最高统治集团之间的一场政治危机被妥善化解。

　　治平三年（1066年）十二月，英宗病重。韩琦作为宰相，又有考虑立储之事。他向英宗劝道：“陛下久不视朝，中外忧惶，宜早立皇太子，以安众心”英宗同意，立颖王赵顼为皇太子。次年（1067年）五月，英宗病逝，赵顼继位，是为宋神宗。神宗继位之后不久，韩琦辞相。

　　吏治上，韩琦针对当时“三司岁以资迁而任不久，相习以养资假途为说，而不修职事”的情况，大胆改革，“乃择尤繁要者五员，用资浅人久任”。 力求改变那种只求作官，不修职事的状况，提高行政效率。

　　韩琦在朝期间，还非常重视选拔和爱护人才，他认为大臣的进退，“实系天下利害，”劝宋英宗应“以此为先”。他曾提拔和举荐过许多贤良俊士，如苏洵、欧阳修和苏轼等，都曾得到韩琦的赏识和重用。

经济
　　韩琦改革役法，罢除“里正衙前”。衙前，是北宋州役之一，负责官物的押运和供应，如粮食官物，须以家产赔偿。这样，承役者往往破产。衙前名目繁多，由里正充役的称“里正衙前”，由乡户轮户的称“乡户前”，韩琦在并州，了解到“州县生民之苦，无重于里正，至有孀母改嫁，亲族分居，或弃田与人以免上等，或非命以就单丁”，造成“富者休息有余，贫者败亡相继”的局面。

　　从庆历五年（1045年）到嘉祐元年（1056年），韩琦在地方任职11年，深受当地百姓拥护。皇祐五年（1053年），当韩琦离定州去并州时，“定人争欲遮留公，使不得出”，韩琦无奈，只身绕道而走，定人得知后，奔相拥送，致使"道路士卒，哭原野。