后唐王朱聿键擢升瞿式耜为兵部右侍郎，协理戎政。瞿式耜不入朝，退居广东。

　　1646年（顺治三年、隆武二年）八月，清兵破汀州，隆武帝被杀。消息传来，瞿式耜和大臣们拥立桂王朱由榔做皇帝，年号”永历”，瞿式耜升任吏部右侍郎、东阁大学士，兼掌吏部事。瞿式耜和大臣们原意希望他能发愤图强，抗击清兵，收复失地。

　　1646年（顺治三年、隆武二年）清兵南下，赣州被攻破，司礼王坤胁迫永历帝赴梧州。十一月，苏观生在广州拥立唐王朱聿鐭。瞿式耜与魁楚等商议迎永历帝去肇庆，遣总督林佳鼎静观，被清兵打败。瞿式耜视师峡口。十二月望，清兵破广州。王坤带着永历帝西走。 

　　领兵抗清

　　在清兵南下的时候瞿式耜沉着指挥，依靠军民团结，短短的十四个月里，抗击了清兵三次对桂林的进犯。

　　第一次是 1647年（顺治四年、永历元年）。

　　1647年（顺治四年、永历元年）正月，清兵破肇庆，逼梧州，巡抚曹晔迎降。永历帝想去湖广找何腾蛟，丁魁楚、吕大器、王化澄等皆纷纷自逃命去了，只有瞿式耜及吴炳、吴贞毓等守在永历帝身边，于是由平乐抵桂林。

　　1647年（顺治四年、永历元年）二月朱由榔在桂林，听到平乐被袭，马上要逃到全州。瞿式耜反复劝说，甚至痛哭流涕也不听。临走时，要瞿式耜一起走。瞿式耜说：”皇上要我一起走，是对我关心，但我负有保卫桂林的责任，就是为它牺牲，也心甘情愿。”自请留守桂林。永历帝最后答应他，升任文渊阁大学士，兼兵部尚书，赐剑，便宜从事。平乐、浔州相机被攻破，桂林危在旦夕。

　　1647年（顺治四年、永历元年）三月，清兵已攻陷平乐，瞿式耜估计敌人必然要争夺桂林，一面调度粮草，一面把驻在黄沙镇的焦琏部队调回桂林。瞿式耜把自己俸银也凑上去犒赏将士。冷不防第二天上午清兵突然袭击桂林，攻入文昌门。瞿式耜沉着指挥，依靠焦琏、白贵、白玉等部队奋勇厮杀，清兵全面溃退。

　　第二次是同年五月，奉命到桂林驻防的刘承胤部和焦琏部发生摩擦，刘部大掠桂林而去，焦部也出驻白石潭。瞿式耜估计形势危急，促焦琏回城，并把久雨淋坏的城墙缺口修复，要他们协力同心，严加防守。清兵侦知桂林已是空城，又在兵变之后，人心惶惶，就再一次袭击桂林。满以为这一下子不费吹灰之力可占桂林，因此不但把准备夺下城池后的官吏委派停当，连一切应用什物也带了来。没想到瞿式耜分门防守，发炮轰击城外敌兵，自早到午，连续作战。瞿式耜带领守城官吏，把存储的粮食，蒸成饭，送到前线。 第二天清晨，焦琏率部队冒雨出击，出乎敌兵意外，弃甲丢盔，纷纷逃窜。预伏在隔江的军队，炮铳齐发。清兵被打得落花流水，望到山上树木，也当作明朝军队。