王恭举兵以后，司马道子忧虑王恭和殷仲堪的威胁，于是引司马尚之和司马休之为心腹。隆安二年（公元398年），因着桓玄请求朝廷让他任广州刺史，而司马道子亦忌惮他，不想他继续盘踞荆州，于是下诏以他督交广二州军事、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。桓玄受命后却不到职。同时司马道子听从司马尚之多树外藩，不料却因削夺了豫州刺史庾楷都督地区而令其劝王恭再度举兵，王恭遂于当年联结桓玄、殷仲堪等举兵讨伐司马尚之兄弟，桓、殷亦奉其为盟主。殷仲堪认为王恭这次肯定成功，于是积极参战，更分五千兵给桓玄，紧随担任前锋的南郡相杨佺期顺江南下。杨、桓二人到湓口时，亦为讨伐对象的江州刺史王愉逃奔临川，但被桓玄派兵追获。及后虽然庾楷大败给司马尚之，前来投奔桓玄，但桓玄也于白石大败朝廷军队。及后虽然王恭因刘牢之倒戈而败死，但桓玄和杨佺期进至石头，迫使司马元显回防京师，并命丹阳尹王恺守石头城。不过，因为刚刚背叛王恭的刘牢之率北府军入援京师，桓玄和杨佺期因畏惧而撤回蔡洲（今江苏江宁县西南江中），与朝廷军对峙。
当时司马道子打算利诱桓玄和杨佺期，令二人倒戈攻击殷仲堪，于是以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而殷仲堪就被贬广州刺史。此举令殷仲堪大怒，命桓玄和杨佺期率兵进攻建康。不过桓玄却对这一任命十分高兴，打算接受，又犹豫不决。当时殷仲堪从弟弟殷遹口中又听闻杨佺期也决定受命，于是开始撤军。随着殷仲堪撤退，杨佺期部将刘系亦先行撤退，桓玄等大惧，又狼狈西退，直至寻阳（今江西九江市）追上殷仲堪。殷仲堪既失荆州刺史，倚仗桓玄为援；而桓玄本身亦要借助殷仲堪的兵力，故此据势相结，殷仲堪与杨佺期因着其家世声望，共推桓玄为盟主，皆不受朝命。朝廷见此大家恐惧，唯有下诏安抚，并让殷仲堪复任荆州刺史，请求和解。众人于是受命返回驻地。
夺据荆州
早在桓玄在江陵横行时，殷仲堪亲党就已劝殷仲堪杀死桓玄，但没得听从。桓玄自被推为盟主后，就更加矜侉倨傲，而杨佺期就被桓玄以寒门相待，但出身弘农杨氏的杨佺期却自以其族是华夏贵胄，一直都认为江东其他士族根本比不上他家，于是对桓玄十分不满，更打算袭杀桓玄，可是因殷仲堪顾忌桓玄死后无法控制杨佺期兄弟才被阻止。当时桓玄亦知杨佺期想杀死自己，于是有了消灭杨佺期的意图，更屯驻夏口，并以始安太守卞范之为谋主。
