段注的再一个重要贡献是，除了指出《说文》各部首内相关汉字之间的意义联系，使许慎《说文》变得井井有序，“如一篇文字”以外，还就全书范围内意义相关字不断勾稽指示，使之组合类化。

　　段玉裁高足弟子之中，长洲徐頲、嘉兴沈涛、女婿仁和龚丽正（龚自珍之父）较为知名，长洲陈奂尤其得其学识真传。

　　个人著述

　　文字训诂

　　段玉裁博览群书，著述宏富，由经学以治小学。在小学范围内，又从音韵以治文字训诂。根基充实，深得体要。所著有《六书音均表》、《诗经小学》、《古文尚书撰异》、《周礼汉读考》、《仪礼汉读考》、《汲古阁说文订》、《说文解字注》及《经韵楼集》等书。《六书音韵表》在顾炎武《音学五书》和江永(1681～1762)《古韵标准》的基础上剖析加密，分古韵为17部，在古韵学上是一部划时代的著作。中国当代语言学家周祖谟认为此书“在古韵学上是一部划时代的著作”。

　　《说文解字注》积30余年的功力写成，体大思精，为前所未有。他先为《说文解字读》，每字之下博引群书，详注出处，晚年才删去繁文，简约成《说文解字注》。嘉庆二十年（1815年）五月全书刻成，风行一时，大为学者所称赞，《说文》之学也由此而盛。

　　《说文》段注的主要特点是：①比勘二徐（徐铉、徐锴）本，刊正传写和刻本的谬误。②阐明许书著作的体例。③引证经传古籍，解释许说，推求许说所本。④在许慎训解之外，说明字义的引申和变迁；指出字有古今，义也有古今。⑤阐发音与义之间的关系，根据谐声声符说明音义相通之理。与同时学者桂馥、朱骏声、王筠并称《说文》四大家。

　　段玉裁注《说文》的成就极大。他不仅贯串全书，详加注释，把《说文》在考订文字、声音、训诂三方面的真实价值阐发无遗，而且创通许多研究词义的方法，对汉语训诂学的发展开拓了新的内容和新的门径。尽管书中不免有偏执武断之处，可是其中精粹之处终不可没。

　　文献整理

　　段玉裁不但在整理文献的实践中作出了不朽的业绩，同时他总结实践经验，又提出很多卓越的见解，诸如“改字”问题、误校问题、分别作者之是非与本子之是非等，卓识宏议，发人之所未发，至今为学者所称道。关于“改字”问题，总的说来，他是主张“勇改”的，认为当改则改，知错不改反而会留下后果。但是他同时又反对妄改、擅改，因为妄改、擅改会造成更恶劣甚至难以挽回的后果。甘苦有得之言，发人深省！段玉裁校书不迷信古本，而是主张依靠自己的学识，善加判断。他分析经书的“疏”与“经注”本来都是各自单行的，各家所守的“经注”以及单行的“疏”受授不同，其字其说龃龉者多，自《十三经》合刊注疏音释，学者能够识别其源流同异的并不多。在这样复杂的情况下，仅仅依靠古本来校勘经书的文字，已不能够解决问题，最后只有凭借自己的学识作出抉择。《十三经注疏·释文校勘记序》指出：“顾自唐以来，而徒沾沾于宋本，抑末也。”可见段玉裁不独鄙视俗本为不足据，就是通常以为的精善宋本，也亦去其积误而探其义理以定是非，这就恐怕不是一般人所能做到的了。他认为校勘者必须具备深厚的学力和扎实的基本功。段玉裁在校勘方面的绝诣，有很多校例已为当代发现的敦煌写本、阜阳汉简所证实，不能不令人叹服。其所著《古文尚书撰异》勘正今本误字甚多，当时无别本可参，仅凭理校，今与敦煌写本对校，每多合者。王重民《敦煌古籍叙录》云：曾以《尚书》残卷《益稷》、《禹贡》两例“持与段氏《撰异》对读”，其中段氏所定“脞字从肉”、“繇字不从草”等例，“今照此写本，段君之言为定谳矣”。又如段玉裁在《诗经小学》中判断《诗经.墓门》“夫也不良，歌以讯之”的“讯”为“谇”之误，安徽阜阳汉墓出土的《诗经》竹简正作“歌以谇之”，证实了他的判断完全正确。