《尚书》学领域建功勋。清初声讨伪古文《尚书》是有思想启蒙意义的，梁启超《清代学术概论》称之为“诚思想界之一大解放”。《尚书》为十三经之一，十三经为封建社会正统指导思想，揭露《尚书》伪作，当然是对封建统治思想的冲击。乾隆年间段玉裁研核今古文《尚书》，为揭梅赜伪作的余绪，意义不凡。

　　自然科学与读经。段玉裁十分重视自然科学入经，章炳麟《检论清儒》曾说段玉裁以“十三经”为少，“宜增《大戴礼记》、《国语》、《史记》、《汉书》、《资治通鉴》，及《说文解字》、《周髀算经》、《九章算术》，皆保氏书数之遗，集是八家，为二十一经”，这样，段氏所增八经中有两经是数学书，足见段氏说经对自然科学的重视。

　　还有一点也很值得注意，就是段玉裁对今文经的包容态度。段玉裁曾特别要他的外孙龚自珍向古文经学者程瑶田学习。后来今文经学家龚自珍写成《明良论》四篇，揭露清代官僚政治的腐败，段玉裁80岁时读到此文，盛赞其“切中今病”，“髦（出类拔萃）矣！犹见此才而死，吾不恨（遗憾）矣。”

　　语言文字学

　　段玉裁主要继承、深化并细化了戴震的语言学研究，在声音与意义的关系、经典中“本字”的考订、汉人注经原则的发明等古典语文学方面，成就突出。

　　段玉裁一生最重要的学术成就在语言文字学，主要成果集中在《说文解字注》一书中。“注释”是古人著书立说的重要体裁，如果说东汉许慎《说文解字》重在经汉字字形揭示汉字的本义，清代段玉裁则重在用传世文献揭示汉语词的引申义。我们今天讲段注在词义学、词汇学上的贡献，主要是以段注引申义为基础的。段注把古今的字形、字音、字义都贯通起来，因而更显得体大思精。

　　段注的另一个重要贡献，就是把九千多个汉字安置于新的古音韵系统，一一标明各字的韵部。附于段注书后的《六书音韵表》就是九千多字的位置系统，即上古韵部系统。段玉裁古韵学成就可以归纳成两个方面：一是提出了一系列古音学的原理，成为古音理论的集大成者，特别是开辟了从谐声偏旁入手来研究古韵分部的新途径和新的方法系统。二是分上古韵六类十七部，超迈前人，启导后来。段玉裁、戴震论韵十五年成为学术史上的佳话。经过研讨，在上古“支、脂、之”三韵部分立问题上，双方达成共识。但在上古真部与文部的分立问题上，戴始终没有接受段的意见，今天，上古真、文分部已成定论，段是正确的。