大革命失败对中国共产党造成了强烈冲击，大批优秀干部（包括陈独秀的两个儿子）在反革命屠杀中丧生，1927年到30年代初的失败浪潮使中共在城市工人中的影响力严重削弱.。对这次革命失败负有第一责任的共产国际领导层（以斯大林和布哈林为首）把全部责任推卸在它的中国支部——中共的头上，中共又把主要责任推卸在总书记陈独秀头上，指责陈独秀犯了“右倾机会主义”错误，在1927年八·七会议上撤销陈独秀的总书记职务。这个栽赃陷害也是中共党史上最大的冤案。其后，陈独秀在苦闷中反思，开始接受国际托洛茨基派的观点，要求中共中央接受托派路线，即反对斯大林主义荒唐透顶的左倾暴动路线，同时也反对盲目向农村发展力量甚至把游击队高抬为红军（诚然，不仅陈独秀而且当时相当多数国际国内共产党人都低估了农民运动），而主张以国民会议为中心，主张从民权民主斗争开始重新聚集力量。1929年11月，因为中东路事件，共产国际远东局从一开始就明确要求中共中央要提出“武装保卫苏联”的口号，并组织大规模的反对国民党和拥护苏联的群众示威。对此，中共中央毫不犹豫地做出了积极的响应。他们召开政治局会议，决定开动一切宣传机器，并在8月1日“反帝日”举行示威，而且争取发动上海工人总罢工。对于中共中央的做法，陈独秀专门致信中共中央提出批评，主张在这个时候片面宣传“拥护苏联”“于我们不利”，绝不能简单地认为“广大群众都认同苏联是中国解放的朋友”（《陈独秀给中共中央的信》，1929年7月28日，8月11日）为此，并鉴于陈独秀等人事实上根本反对中共中央的政治路线，中共中央很快正式决议将陈独秀等人开除出党。（《江苏省委为开除彭述之、汪泽凯、马玉夫、蔡振德及反对党内机会主义与托洛斯基反对派的决议》，1929年10月20日；《中共中央政治局关于开除陈独秀党籍并批准江苏省委开除彭述之、汪泽凯、马玉夫、蔡振德四人决议案》，1929年11月15日，《中共中央文件选集》第5册，第549－555页。）中共中央明确认为，陈独秀等人在中东路问题上的意见，“是党内一些动摇的机会主义分子的立场的最露骨的表现。（《评陈独秀的信件》）”，陈独秀被开除出中国共产党。12月，与彭述之等81人发表《我们的政治意见书》，攻击中国共产党的机会主义领导层。同时，在上海建立托派组织“无产者社”，出版《无产者》刊物，宣传托派观点。1932年，在上海淞沪抗会战中，支持抗战，谴责蒋介石卖国独裁，而后被国民党政府逮捕。1937年8月出狱，拥护国共合作和国民党领导抗日，在武汉联络民主人士和抗日军队，试图组织“不拥国、不阿共”的第三势力。此时的陈独秀已偏离了托派纲领，并遭到多数中国托派的反对，但仍与托派组织保持关系——直至逝世也未曾脱离过这种组织和思想、政治关系。1938年，被王明、康生诬陷为日本间谍，从此与中共彻底决裂。晚年陈独秀最终的立场是要求建立民主的政权，开始对共产主义理论进行反思。