乾隆五十一年（1786年）四月，年已七十岁的阿桂又赴清口，勘察堤工；六月到浙江督海塘石工；闰七月，勘江南桃源安东黄河漫口情形及堵筑事宜。乾隆五十二年，黄河在河南睢州十三堡处决口，阿桂于这年六月赶到那里，督促堵塞，十月，睢州拦黄坝合龙后，又奉命勘江南临湖砖石堤工，直到乾隆五十三年正月始回京。阿桂治水生涯的尾声是承办长江河工。乾隆五十三年，荆州万城堤溃决，长江水从西、北两门涌入荆州，大片土地被淹。同年七月，阿桂奉命察看荆州被水情况。他经过一段调查了解后，主张采用先筑坝，再挖引河的方法治理，他说：“此次被水较重，土人多以下游之窖金洲沙涨逼溜所致，若开挖引河，江水平漾无势，仍至淤闭。请于对岸杨林洲靠堤先筑土坝，再接筑鸡嘴石坝，逐步前进，激溜向南，俟洲坳刷成兜湾，再趁势酌挑引河，较为得力。”阿桂的建议被采纳。同年十月，阿桂回京，但随即又于次年（1787年）四月，再次勘察了荆州堤工。

　　阿桂在数十次奉命治理河工海塘过程中，虽然没有提出超越前人的治水方法，更没有从根本上解决黄河为患的问题，但他从当时当地的实际情况出发，克服困难，尽心尽力地堵塞决口，修筑堤坝，这对减少水患带来的损失，恢复和发展农业生产都起了积极的作用。

　　除督办河工外，阿桂在这期间还奉命两次督师镇压甘肃撒拉族、回族起义。甘肃是回族的聚居地之一。乾隆二十六年（1761年），甘肃安定（今甘肃定西县）回民马明新创立新教，反对门宦地主对农民的残酷剥削。后来，他见所在地区门宦势力大，就转移到循化厅（今青海循化）撒拉族中去传教。撒拉族同回族一样信奉伊斯兰教，约有三万人，从事农业、皮筏和榨油业。同样遭受清朝统治和压迫的撒拉族民众，很快就接受了马明新的主张，于是新教就在那里传播开来。这引起旧教门宦地主的仇视，新、老教派间多次发生争斗。清政府站在旧教门宦地主一边，于是教派斗争就转化为反抗清朝的武装起义。乾隆四十六年（1781年），在马明新的助手苏四十三和韩二个的率领下，撒拉族和回族民众举行了起义。他们攻入老教区，杀死哈尔户长（总头人）韩三十八，并打败了陕甘总督勒尔谨派来镇压的清军，处死了兰州知府杨士玑和河州协副将新柱。义军随之攻占河州（今甘肃临夏市），进袭兰州，准备营救被关入监狱的马明新。