在治水、督师的同时，阿桂还不时被乾隆帝派往各地，查办案件。乾隆四十六年（1781），甘肃“冒赈案”就是由阿桂揭露和查办的。这一年，和珅和阿桂先后抵达甘肃督师，镇压撒拉族回族起义。当他们将甘肃境内时常下雨的情况上报朝廷后，乾隆帝就对近年甘肃省官吏屡次上报该省发生旱灾，请求赈济一事产生了怀疑。于是他下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。阿桂和李侍尧经过一番了解后，事情真相才开始暴露出来。此案始于乾隆三十九年（1774年）。这一年原浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。他到任后，和陕甘总督勒尔谨串通一气，先将收捐监生的米粮改为折色银两，然后年年虚报旱灾，打着用监粮赈济的名义，将银子全部私分。乾隆帝对甘肃冒赈案十分重视，特遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将又调回浙江的王亶望拘留审讯，抄了他的家，得脏银百余万两。在铁证面前，王亶望只得将如何私自改监粮，如何指使兰州知府蒋全迪“示意诸州县伪报旱灾，迫所辖道府具结申转”，以及如何私分银两的罪状一一招认。乾隆帝下令斩王亶望，赐勒尔谨自尽，现任甘肃布政使王廷赞论绞，并即于兰州将蒋全迪斩首。同时，还命阿桂按治甘肃州县，查勘州县官在此案中的不法行为，规定凡冒赈私分银两在两万两以上者都要处死。阿桂经过一段了解和审讯后，把参与“冒赈案”的官员人数和冒赈银两数基本弄清。牵连此案的道府州县官达六十多人，被斩首的有二十二名，其余的也按情节的轻重给予不同的处罚。

　　但此案并未最后了结。乾隆四十七年（1782年）有人控告闽浙总督陈辉祖在查抄王亶望家产时有舞弊行为。于是乾隆帝又命阿桂赴浙江按治。阿桂抵浙后，严鞫陈辉祖，将其在抄家时，以银换金，隐藏玉器，抽换朝珠，将王亶望的赃物窃为己有的罪行查清，陈辉祖遂被革职逮问。第二年（1783年）二月，因又揭露出陈辉祖任内，浙江全省存在严重的钱粮亏空，乾隆帝一气之下就赐他自尽。

　　力保晚节

　　乾隆五十四年（1789年），阿桂视察荆州堤工返京后，直到嘉庆二年（1797）病逝的九年时间内，他一直在京城处理政务，度过了人生道路上的最后一段里程。此时，朝廷的政局已为和珅及其同党所把持。和珅善于揣摸和迎合乾隆帝的心意，处处讨其欢心，深得皇帝宠信。阿桂虽以勋臣为首席军机大臣，地位在和珅之上，但因他十余年间经常外出，很少在京城处理政务，使得和珅乘机窃取大权，“和珅柄政久，善伺高宗意，因以弄窃作威福。不附己者，伺隙激上怒，陷之。纳贿者则为周旋，或故缓其事，以俟上怒之霁。大僚恃为奥援，剥削其下以供所欲。盐政、河工素利薮，以征求无厌，日益敝”。阿桂对和珅专权乱政很是痛恨，但碍于乾隆帝对和珅的宠信，加之自己年已古稀，力不从心，因而也无可奈何。然而他不愿和和珅同流合污，尽管和珅一再拉拢他，也不能动摇他洁身自好之志，“乃除召见议政外，毫不与通交接。凡立御阶之侧，公必去和相十数武，愕然独立，和就与言政事，公亦漫应之，终不移故处也”。

　　乾隆六十年（1795年），乾隆帝禅位于其子颙琰，自己则称太上皇。次年，颙琰正式即位，是为嘉庆元年（1796年）。这年阿桂已八十岁，他因身体不适被准休假养病。谁知从此不起，于次年八月病死，终年八十一岁。阿桂死后，被赠太保，入祀贤良祠，谥号文成。

参考资料：

1、《清史稿》