乾隆四十六年（1781年）正月，阿桂抵浙后，“悉心履勘，度潮势之缓急，沙性之坚软，工力之难易”，修筑鱼鳞石塘、柴塘和范公塘。上述工程完成后，又奉命顺道往清江，查勘陶庄河道及高堰石工。这一年秋天，黄河又在河南青龙冈决口，阿桂自甘肃赶赴河南，会同河道总督李奉翰督办堵塞决口。他仍按照成规，在决口处的两端筑坝。十二月，当两坝将要合龙时，副将李荣吉向阿桂建议，水势很盛，应缓一段时间再让两坝合龙。但阿桂不听，仍督促下属加快合龙进度。不久，两坝合龙，官员们都来向阿桂贺功，只有李荣吉不来。阿桂派人去叫李荣吉，他却对使者说：“为荣吉谢相公。坝不可恃，不敢离也。”过了两天，东坝果然塌落，黄河再次决口。阿桂赶快前往察看，见李荣吉已坠落水中，忙使人救起。于是，他上疏自劾，并请求派熟悉河工的大臣来河南督办。乾隆帝颁旨说：“近年诸臣中经理河务较有把握者，舍阿桂岂复有人？惟当安心静镇，另筹妥办。”乾隆帝对阿桂的信任，使他重新振作精神。不久，他“奏请将青龙冈迤下至孔家庄、荣华寺和杨家堂引河一律加宽，以期河流宣泄”。乾降四十七年四月，又奏请“另于青龙冈迤上自兰阳至商邱添筑大堤，挑挖引河，并于北岸建筑坝基，逼溜南趋，以期截溜全归新河”。这种下流疏引河，上游筑大堤，宣泄与堵截相结合的方法收效很大。

　　乾隆四十八年（1783年），工程完工后，决口被堵住了。这以后，阿桂于同年八月，又“督河南睢州堤工，三阅月工竣”。乾隆五十年（1785年）八月，他再赴河南，勘察微山、睢州工，并察洪泽湖、清口形势。当时由于黄河屡屡决口，运河河道淤塞，影响了漕运的正常进行。阿桂仔细了解情况后，力主引黄济运，他说：“臣初到此间，询商萨载、李奉翰及河上员弁，多主引黄灌湖之说。本年湖水极小，不但黄绝清弱，至六月以后，竟至清水涓滴无出，又值黄水盛涨，倒灌入运，直达淮、扬。计惟有借已灌之黄水以送回空，蓄积弱之清水以济重运。查本年二进粮艘行入淮河，全藉黄水浮运，才能过淮渡黄，则回空时虽值黄水消落，而空船吃水无多，设法调剂，似可衔尾遄行。”此建议被采用，引黄济运自此开始。