阿桂的建议对清朝在这一地区的统治至关紧要，因而很快得到乾隆帝的批准，并付诸实施，这就为伊犁屯田奠定了基础。同时，阿桂还组织人力制造农业器具和从事农业生产。由于屯田农民和士兵的辛勤劳动，伊犁屯田当年就获得丰收，“至秋丰稔，收粮皆倍，兵食以足”。这一年，清政府褒奖平定西北的功臣，以功劳大小为序，在紫光阁悬挂画像，阿桂被排在第十七位。乾隆帝亲自撰文称赞阿桂：“心可干城，楚材继出，为国之桢”。屯田初见成效，使阿桂增强了信心。为了进一步发展伊犁屯田，从乾隆二十六年（1761年）起，他相继采取了进一步的措施：一是在伊犁牧群蕃息之时，禁止内地人到伊犁购买马匹和骆驼，以保证当地畜牧业的发展。二是大力招徕叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏和乌什等地的维族民众来伊犁屯垦，以扩大屯田规模。同时，他还建议朝廷在伊犁和乌鲁木齐之间的玛斯纳、库尔喀喇乌苏和晶河等三处，“各酌派屯田兵，人各垦地十五亩，晶河以西归伊犁管辖，托克多以东归乌鲁木齐管辖”。由于阿桂的精心筹划和组织，乾隆二十六年，伊犁兵屯垦种地达八千馀亩，收获粮食两万七千一百多石；回屯有八百户，平均每户收获粮食四十石，总产达到三万二千石左右。

　　在大力发展屯田的同时，还制定和完善制度，加强对屯田的管理。乾隆二十七年正月，阿桂订立约束章程，在兵员的补充、钱粮的征收、官员的任选、产量的分配和屯军家属的养赡等五个方面都作了具体的规定。同年八月，固勒札和乌哈尔里克两地的城堡相继建成，乾隆帝亲自定名为“安远”城和“绥定”城。这两城完全是按照内地城市的模式建置，军营和民房以次分别。这些新城镇既是屯田管理的中心，又吸收四方商人来此交易，成为商业贸易的中心，“数千里地来往晏然”。乾隆二十六年（1761年），他被授予内大臣、工部尚书、议政处行走和镶蓝旗汉军都统等职。乾隆二十七年（1762年），又授予骑都尉世职，并返京“供职询问方略”。乾隆二十八年正月，阿桂到北京后，被授予军机大臣，给予在紫禁城内骑马的殊荣。六月，乾隆帝颁旨：“阿桂在军营殊为出力，且在伊犁办事亦甚妥协，著加恩将阿桂一族由正蓝旗抬入上三旗。”七月，又被补授正红旗满洲都统，晋太子太保。