三月二十九日，吕端入宫问疾。这时太宗已危在旦夕，吕端见太宗左右只有王继恩和李皇后，却不见太子赵恒。他担心王继恩别有它意，急忙回府，暗中写信，让赵恒赶快入宫，以防不测。

　　正在这时，太宗已经驾崩，李皇后让王继恩来到中书省告知吕端。吕端知道有变，抽身出阁，反手将王继恩锁在中书画阁中，并派人予以看守。他从中书省来到万岁殿，以太宗的生前意愿为依据和李皇后理论，最后拥立赵恒即位，是为宋真宗。赵恒即位后，垂帘引见群臣。吕端平立殿阶，请求侍臣卷帘，他登殿审视，确认是赵恒后才退降殿阶，率群臣高呼“万岁”。

　　咸平元年（998年）夏，因吕端久病不僡，真宗下诏免去他每日朝拜的礼仪。有事靠书信沟通视事。十月，真宗授吕端以太子太保致仕。告假三百日后，真宗仍命有司供他俸禄。之后，真宗亲自探望吕端，当时他已病重，真宗对他倍加抚慰。

　　病逝汴京

　　咸平三年（1000年）四月初三（5月9日），吕端逝世，享年六十六岁。朝廷追赠司空，谥号“正惠”，并追封其妻李氏为泾国夫人，任命其子吕藩为太子中舍人、吕荀为大理评事、吕蔚为千牛备身、吕蔼为殿中省进马。

轶事典故

　　镇定自若

　　吕端渡海出使高丽时，风暴折断了船的桅杆，船上的人都非常害怕，只有吕端仍旧在读书，像在斋阁时一样。

　　大事不糊涂

　　《宋史·吕端传》：“太宗欲相端。或曰：‘端为人糊涂。’太宗曰：‘端小事糊涂，大事不糊涂。’决意相之。”

　　这句话，原出自北宋太宗多年体察吕端后对其处事为人的一种无可辩驳的评价，而且也确实反映了吕端的人品和才干的真实情况。从历史书籍中能找到的，能说明吕端“小事糊涂，大事不糊涂”的事例有以下两件事：

　　其一，太宗曾向吕端问过计策，说自从汉唐以来，有过封乳母为夫人的事情，要吕端拿个主意，如今该怎么办才好呢？吕端回答说：“以前汉唐朝代跟现在不同，那个时候或者是因国大，或者是因为名声好，才那样做的，都是事出有因的。可以这么说吧，法无定法，礼无定制。”吕端这番话使得太宗大开心窍。