当时，张居正去后，内阁中还剩下吕调阳、张四维两位阁臣。马自强、申时行入阁，阁臣增为4人。吕调阳年迈多病，很少到内阁办公。在内阁办公的仅张四维、马自强、申时行3人。神宗皇帝有令，国家大事驰告张居正，叫他裁决；小事由张四维全权处理。申时行在内阁大臣中排名最后，仅充位而已。

　　斗争言官

　　万历十年六月，张居正病死，他死后不久，便遭到反对派的 诬陷。张四维出任内阁首辅。次年，张四维老父去世，他回家守丧。这时，吕调阳已辞官回家养病，马自强也已病死。内阁中就数申时行资格老了。于是，他继张四维出任内阁首辅。

　　内阁中又新进余有丁、许国、王锡爵和王家屏4人。4人中，许国是歙县（今属安徽）人，嘉靖四十四年第三甲第一百零八名进士。王锡爵是太仓（今属江苏）人，嘉靖四十一年与申时行同榜登科，名次申时行，为第一甲第二名，即所谓的"榜眼"。王家屏乃大同山阴（今山西朔州山阴县）人，隆庆二年（1568）第二甲第二名进士。申时行、许国、王锡爵的里籍都属南直隶，算是同乡，关系极为密切。王锡爵是御史李植等力荐入阁的，他曾反对过张居正"夺情"，有些名望。李植等与申时行不合，荐王锡爵入阁，原是为了削弱、牵制申时行的权力、行动。谁知，王锡爵入阁后很快便与申时行抱成一团，成为申时行最亲密的盟友。余有丁和王家屏势孤，只能依附于申时行、许国、王锡爵三人。申时行有效地控制了内阁。

　　在这种局面下，首辅申时行振作起来，欲有所作为。

　　早在张四维当政时，张居正便受到反对派的诬陷。万历十一年三月，神宗下令追革张居正的官衔，废止他的改革措施。作为内阁首辅的张四维曾曲意巴结张居正，他也鼓噪诋毁张居正，一改张居正时的做法，开通言路，起用被张居正贬抑的官员。张居正的余党很害怕，竭力巴结申时行以为助。申时行不大赞同张四维的做法。但当申时行执政后，他却不得不沿着张四维的路子走，务为宽大，起用稳重守成的官员，广开言路。他的这种做法，博得了大多数官员的赞誉。

　　然而，这种局面并未能维持多久。申时行广开言路，那些御史、给事中等言官活跃起来，纷纷指斥张居正执政时，遏阻言路，历数其罪行。申时行是张居正的心腹之一，言官们在指斥张居正时，无意或有意地涉及到申时行。申时行表面上宽以待之，示有海量，但内心却恨之入骨。后来，他实在难以忍让了，遂与言官们公开交锋，想方设法贬黜那些攻击张居正而涉及到他的人。