陈普一生著作甚丰，计有《周易解》、《浑天仪论》、《四书五经讲义》、《尚书补微》、《石堂集》（收入《两宋名贤》）、《武夷櫂歌》、《石堂先生遗集》十二卷（存蕉城图书馆）以及声律、天文、地理、阴阳术数等书数百卷（见《闽书）闵文振撰《道南委》）。
身后之事 是个谜团
陈普晚年居莆中达18年之久，到元朝至和元年（1328），终因年迈体衰，颈部生大痈肿（俗称颈虎）。病中，他十分思念家乡，其《寄园洲》七律有“风华登程去未归，忆想泪珠枕边流”之句，可见思乡之切。是年秋天病逝，享寿84岁，后归葬于故乡石堂山。
在梅鹤村院后自然村有一陈普亩墓，墓前立有一块石碑，上书：“陈石堂先生之墓 咸丰四年菊月重修”。令人奇怪的上面并没有他妻子的碑文。按照当地的风俗，夫妻死后应同葬一墓。但据当地的民俗研究者黄垂贵介绍，墓中只葬有陈普一人，至于他的妻子及后人下落不明。如今在梅鹤、文峰村一带真的找不到陈普的后人（族人）。有人甚至于传言说，陈普根本没有娶妻生子。如果陈普没有后人，那么他死后，是谁送他归葬故里？但如果说他有后人，又为何不按古时风俗，把他的妻子也送回故里安葬呢？
按照推理，陈普36岁时开始在家乡石堂开馆授学，当时他应是在家乡成家生子，或是携同妻子回乡授学。寓居莆田时，当时他的后人应已成人，或已成家，也可能没有跟随陈普前往莆田，而是留在了故里石堂。但在石堂，乡人们却说只有陈普父亲的墓，从未听到关于陈普后人只言片语，似乎自陈普以后，陈普后人（族人）在石堂就销声匿迹了……黄垂贵认为，最有可能是因为陈普几次忤逆了元朝廷的旨意，他本人都担心被加上“罪犯朝廷”的罪名，而四处游走讲学。其后人或族人更因担心被株连，或改名换姓，或迁移他处。
史籍记载
据《宁德县志》记载：先儒陈普墓在二十都石堂。明龚令颖祭墓文：“公本布衣，而名甚尊，死者何限，惟公永存。公之垂世，有德有言，斯文正脉，公得其门。我生虽后，幸官兹土，怀贤有自，式祭公墓。”除此处有陈普墓外，相传在石堂村东四里，地名为浮云平路和浮山岗头岭，俗称官祭后的地方也有陈普墓。当地村民感其贤，每年的清明都会去这三墓祭祀打扫。
宋儒陈普，一生收徒无数，著作甚丰，身后事却是个谜团，这也许有待于史学家们细细地考证了。
宋代：陈普
无诸曾拥汉入秦，归来依旧蛮夷俗。
未央长乐不诗书，何怪天涯构板屋。
人民稀少禽兽多，云盘雾结成烜燠。
楼船横海未入境，淮南早为愁蛇蝮。
自从居股徙江淮，鸟飞千里惟溪谷。
经历两世至孙氏，始闻种杏匝庐麓。
依然未识孔圣书，徒能使虎为收谷。
异端神怪非正学，但可出野惊麋鹿。
三分南北又几年，匹士单夫无或录。
开元天宝唐欲中，阑干始见盘中蓿。
日南韶石出名公，新罗二士非碌碌。
七闽转海即洙泗，仅有令孜与思勗。
令人不忍读唐书，不胜林壑溪山辱。
天心地气信有时，二三百年渐堪目。
述古大年创发迹，义理文章相接续。
蔡襄风任獬廌司，陈烈气压龙虎伏。
介夫当仁意不让，了翁守义穷弥笃。
天开道统游杨胡，一气北来若兰馥。
了翁责沈先识程，子容闻风亦知肃。
剑龙化作李延平，道理益明仁益熟。
遂生考亭子朱子，撑拓三才开{左亻右上亡下一}育。
植立纲常鳌戴地，开发蒙昧龙衔烛。
三胡三蔡与五刘，新安建安知一族。
直卿幸作东床客，照耀乾坤两冰玉。
四书才老多有见，楚辞全甫尤能读。
正叔安卿亲闻道，稍后景元亦私淑。
礼书身后得直卿，遗经未了留杨复。
奎宿分野忽在兹，神光秀气相追随。
灯窗眉宇辙不同，金玉满堂珠万斛。
遂令四书满天下，西被东渐出九服。
方将相与作齐鲁，迩微觉忘南梳沐。
贤良文学偶未设，墙角短檠充何速。
相看一一皆凤麟，相薰渐渐随鸡鹜。
古今最重是习气，圣贤为此多颦蹙。
一落千丈不可回，坚冰都在坤初六。
诗书自古不误人，明经不但为干禄。
聪明才智万景春，家国子孙千百福。