1651年（清顺治八年、明永历五年）七月，清将张天禄出崇安分水关，马进宝出台州海门，闽浙总督陈锦全军出定海，分路进攻舟山。张名振、张煌言等奉鲁王入海出兵吴淞，牵制清军主力。大学士张肯堂、安洋将军刘世勋、荡北伯阮进、左都督张名扬等留守。此役舟山军民死难者达18000人，合葬定海城北龙峰山下。事后，清将自承：“我军南下，江阴、泾县、舟山三城，最不易攻。”

　　1653年（清顺治十年、明永历七年）八月，张名振和监军兵部侍郎张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带沙洲。崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，被围长达八个月。明军以崇明和附近沙洲为基地，如清方一分档案中所说：“筑圩耕种，近城十里之外，贼众充斥。百姓菜色相望，饥馑难支。为我用者恹恹待毙，为贼用者欣欣向荣。”“崇明产米之乡皆在平洋山前东、西阜沙，今被贼踞。”

　　1654年（清顺治十一年、明永历八年），张军三次进入长江作战，这就是有名的三入长江之役。

联郑抗清

　　1655年（清顺治十二年、明永历九年），张名振与张煌言合兵三入长江，抵燕子矶，因兵力单弱，无功而返；乃会同郑成功部甘辉、陈六御等收复舟山，张名振缟素入城，遍觅母尸，哀动三军。岁末，张名振猝死。死前曾言：“吾于君母恩俱未报，若母尸不获，毋收吾骸。”言毕起坐，击床而逝，死不瞑目，犹凛凛有生气。后葬于普陀勾山南岙村。张名振原本遗嘱由张煌言统领其军，而郑成功却下令由陈六御接掌。次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，在将士的推戴下张煌言成为原鲁监国系统军队的主要领袖，继续同郑成功联合作战。

　　1658年（清顺治十五年、明永历十二年），永历帝封郑成功为延平郡王，张煌言为兵部左侍郎。同年清军进犯云贵，郑成功、张煌言进军浙江，攻克乐清、宁海等地，在羊山遇台风，损失巨舰百余艘，漂没战士八千余人，被迫撤回厦门。

　　1659年（清顺治十六年、明永历十三年），张煌言与郑成功一起，为牵制张煌言大举向云贵地区进攻的清军，再次率义军入长江作战。先是，义军抵达并占领崇明。张煌言对郑成功建议说：“崇明，江、海门户”，宜先将义军“定营于此”，稍事休整，务使义军“进退有所据”。但郑成功未听从。当时，驻防长江的清军，在瓜洲金、焦二山间横上拦江铁索（俗称“滚江龙”），且在沿江两岸遍置西洋大炮，防守颇为坚固。张煌言却率义军乘十七条船机警巧妙地破坏了江防防线，在后援的郑军配合下，“翦江而渡”，于六月一举攻占瓜洲。攻克瓜洲后，张煌言又向郑成功建议全力攻取镇江，然郑成功顾虑驻守江宁（南京）的清军将赶往支援。张煌言则主张可先派一支舟师水军，佯攻直捣江宁北门，即观音门，这样“南京清军自不暇出援”。同时，他还提议这支水军应溯江而上，前往芜湖一带活动，以防阻江楚方面清军的来援。郑成功采纳了意见，并命他向南京方向进攻。此时，张煌言所率义军将属人数不满一万，渡江之舟不满百艘，仍毅然率军西行。不久，张煌言攻克仪真，并进军六合，沿途受到沿江民众的热烈欢迎，“仪征吏民赍版图迎降五十里外”。当得悉郑成功攻克镇江后，张煌言又致信郑成功，言及当“先抚定夹江郡县”后，再从陆路进军，直取南京，但郑成功未采纳他的建议，“竟从水道进”。致使有利战机瞬间丧失，而南京清军得以喘息并获后援而巩固城防。