顺治十三年（1656年）春，顾炎武出狱。尽管归庄等同邑知名之士极力排解，而叶方恒到此时仍不甘心，竟派遣刺客跟踪。仲夏，顾炎武返钟山，行经南京太平门外时突遭刺客袭击，幸而遇救得免；嗣后，叶方恒还指使歹徒数十人洗劫顾炎武之家。这之前的几年当中，顾炎武曾数次准备南下，赴福建参加沿海地区风起云涌的抗清复明事业，但由于各种原因，最终都未能成行；至此，顾炎武决计北游，以结纳各地抗清志士，考察北中国山川形势，徐图复明大业。远行避祸当然也是一个原因。

累拒仕清

　　顺治十四年（1657年）元旦，顾炎武晋谒孝陵。7年之间，炎武共六谒孝陵，以寄故国之思，然后返昆山，将家产尽行变卖，从此掉首故乡，一去不归。是年顾炎武45岁。顺治十六年（1659），至山海关，凭吊古战场，此后20多年间，炎武孑然一身，游踪不定，足迹遍及山东、河北、山西、河南，“往来曲折二三万里，所览书又得万余卷”（《亭林佚文辑补·书杨彝万寿棋（为顾宁人征天下书籍启）后》），结识了许多志同道合的朋友；晚年，始定居陕西华阴。康熙七年（1668年），又因莱州黄培诗案入狱，得友人李因笃等营救出狱。康熙十年（1671年），游京师，住在外甥徐干学家中，熊赐履设宴款待炎武，邀修《明史》，顾炎武拒绝说：“假如这样做，那不仅仅是介之推的出逃了，而是效仿屈原为楚而死了！”。

　　康熙十七年（1678年），康熙帝开博学鸿儒科，招致明朝遗民，顾炎武三度致书叶方蔼，表示“耿耿此心，终始不变”，以死坚拒推荐。康熙十八（1679年）清廷开明史馆，顾炎武以“愿以一死谢公，最下则逃之世外”回拒熊赐履。康熙十九年（1680年），顾炎武夫人死于昆山，他在妻子的灵位前痛哭祭拜，作诗云“贞姑马鬣在江村，送汝黄泉六岁孙。地下相逢告父姥，遗民犹有一人存。”康熙二十一年（1682年）正月初四（2月10日）在山西曲沃韩姓友人家，上马时不慎失足，呕吐不止，初九（2月15日）丑刻卒，享年七十。

后世纪念

昆山顾炎武故居

　　顾炎武故居，位于江苏省昆山市千灯镇，占地60亩，建筑面积5450平方米。清康熙二十一年（1682年）顾炎武卒于山西曲沃，由嗣子顾衍生，从弟顾岩扶柩回昆山千灯故里，葬于祖茔嗣父顾同吉、嗣母王贞孝之墓穴次位，墓前有碑，上刻“顾亭林先生暨配王硕人合墓”；周围有砖砌矮墙，嵌有清石碑各一块；墓南有明皇朝为旌表顾炎武嗣母王氏的贞孝坊；墓后柳树四棵，四周松柏数十株。