袁案结束后，傅山返回太原。他无意官场仕途，寻城西北一所寺庙，辟为书斋，悉心博极群书，除经、子、史、集外，甚至连佛教伊斯兰天主教经典都精心览读，掌握了丰富的知识。崇祯十六年（1643年），傅山受聘于三立书院讲学。未几，李自成起义军进发太原，傅山奉陪老母辗转于平定嘉山。不久，起义军、清军先后攻占北京，明亡。傅山闻讯写下“哭国书难著，依亲命苟逃”的悲痛诗句。为表示对清廷剃发的反抗，他拜寿阳五峰山道士郭静中为师，因身着红色道袍，遂号“朱衣道人”，别号“石道人”。朱衣者，朱姓之衣，暗含对亡明的怀念；石道者，如石之坚，意示决不向清朝屈服。可见，傅山出家并非出自本心，而是藉此作为自己忠君爱国、抗清复明的寄托和掩护。

　　清军入关建都北京之初，全国抗清之潮此伏彼起，气势颇高，傅山渴望南明王朝日益强大，早日北上驱逐清王朝匡复明室，并积极同桂王派来山西的总兵官宋谦联系，密谋策划，积蓄力量，初定于顺治十一年（1654年）三月十五日从河南武安五汲镇起义，向北发展势力。然而，机事不密，宋谦潜往武安不久，即被清军捕获，并供出了傅山。于是傅山被捕，关押太原府监狱。羁拘期间，傅山矢口否认与宋谦政治上的关系，即便是严刑逼供，也只说宋曾求他医病，遭到拒绝，遂怀恨在心。一年之后，清廷不得傅山口供，遂以“傅山的确诬报，相应释宥”的判语，将他释放。

　　傅山出狱后，反清之心不改。大约在顺治十四至十六年间，曾南下江淮察看了解反清形势。当确感清室日趋巩固，复明无望时，遂返回太原，隐居于城郊僻壤，自谓侨公，那些“松乔”、“侨黄”的别号就取之于此后，寓意明亡之后，自己已无国无家，只是到处做客罢了。他的“太原人作太原侨”的诗句，正是这种痛苦心情的写照。康熙二年（1663年），参加南明政权的昆山顾炎武寻访英雄豪杰，来太原找到傅山，两人抗清志趣相投，结为同志，自此过从甚密。他们商定组织票号，作为反清的经济机构。以后傅山又先后与申涵光、孙奇逢、李因笃、屈大筠以及王显祚、阎若璩等坚持反清立场的名人和学者，多有交往。尤其是曾在山东领导起义的阎尔梅也来太原与傅山会晤，并与傅山结为“岁寒之盟”。王显祚见傅山常住土窑，特为他买了一所房院，即今太原傅家巷四号院。