急于早日回国尽忠报效的朱舜水，终于在永历十一年（1657年）正月，等来了日本船，准备乘舟渡海归国。但不料在二月遭安南供役之难，被羁五十余日。安南国王知道他是一位中国学者，便留住他，拜他官爵，迫他行臣子跪拜礼，朱之瑜直立不肯跪。差官举杖画一“拜”字于沙上，朱之瑜乃借其杖加一个“不”字于“拜”字之上。安南王便当着朱之瑜的面，杀了许多人威吓他，朱之瑜始终没有屈节，真正做到了威武不能屈。是年朱之瑜已五十八岁，为铭记这段老年之难，他逐日记有日记，并取“庶人召之役则往役”之义，名所记为《安南供役纪事》。

永历十四年

　　（1660年），受郑成功、张煌言邀，返国抗清，于是即刻动身，于十月十九日返归厦门。永历十五年（1661年）夏，郑成功和张煌言会师北伐，收复瓜州，攻克镇江，朱之瑜都亲历行阵。北伐军一度进军顺利，收复四府二州二十四县，直抵南京城郊，兵威震动东南。然而由于郑成功目光短浅，盲目屯兵南京坚城之下，贻误战机，且律兵不严。至七月，北伐军在南京城外被击败。郑成功转而退往福建沿海，后行师海上，不得已而趋兵台湾，张煌言则数年后被捕遇害。朱之瑜鉴于复明无望，又誓死不剃发，“乃次蹈海全节之志”，学鲁仲连不帝秦，再次凄沧渡日，永不回到故国了。这年冬，最后一次东渡日本，未能获准登岸，困守舟中。当时日本施行锁国政策，“三四十年不留一唐人”。日本学者安东守约经已在日定居的陈明德介绍，以手书向朱之瑜问学，执弟子礼。朱之瑜为安东守约“执礼过谦”的恭敬、“见解超卓”的学问所动，复信安东守约。信中，朱氏悲喜交集，悲则国破家亡，故国“学术之不明、师道之废坏亦已久矣”；喜则“岂孔颜之独在中华，而尧舜之不绝于异域”，表达了他有意将圣贤践履之学传于这位异国弟子的心情。正如梁启超所说，此“为先生讲学之发轫”。安东守约等人为其在日定居奔走。最后得日本政府批准，破40年来日本幕府之国禁，让他在长崎租屋定居下来，朱之瑜就此结束了十多年的海上漂泊生活。

东瀛讲学

　　朱之瑜定居日本时曾反复强调自己并非想倡明儒学于异域，仅是为了蹈海全节。永历十九年（公元1665年），他在长崎正准备购地躬耕之际，日本国副将军（大将军德川家纲之叔父）、水户侯德川光国欲兴庠序之教（庠序，旧称，古代指地方学校），派儒臣小宅生顺到长崎礼聘朱氏为国师，要朱到江户（今东京）去讲学。朱之瑜竭力谦让，但是，当他听安东守约等人介绍“上公好贤嗜学，宜勿辜其意”之后，答应了德川光国的要求，表示“至若招仆，仆不论禄而论礼”。翌年（永历二十年，公元1666年）六月，朱之瑜抵江户。德川光国亲执弟子礼，竭诚尽敬。德川光国认为朱之瑜年高德重，不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼。朱之瑜就以故乡“舜水”为号，意为“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故国故土之情。“舜水先生”之称始于此时。德川光国欲为建新居，以“耻逆虏之未灭，痛祭祀之有阙，若丰屋而安居，非我志”四次力辞。在德川光国影响下，日本学者、达官显贵也纷纷诣门求教，或执弟子礼，或听其讲学。从此，朱之瑜往来于江户、水户两地，公开讲学。他曾去信远在柳川的安东守约介绍讲学的盛况。