万历十八年（1590年），改谥为“忠肃”。

　　乾隆十六年（1751年），乾隆帝南巡，题写匾额“丹心抗节”。

参考资料：

1、清·张廷玉等，《明史》（卷170）

纪念建筑

北京祠
　　在东城区西裱褙胡同23号，原有门匾书“于忠肃公祠”。成化二年(1466)，宪宗皇帝特诏追认复官。将其故宅改为忠节祠。万历十八年(1590)时改谥“忠肃”，并在祠中立于谦塑像。清顺治年间，像毁，祠也废。清光绪年间又重建。祠坐北朝南，东为于谦故宅，院内东侧建有奎光楼，为两层小楼。上层为魁星阁，悬“热血千秋”木匾，正房5间为享堂，硬山合瓦顶，内供于谦塑像。1890年，义和团曾在此设神坛。1976年魁星阁在地震时被震毁，小楼亦被拆除。祠为北京市重点保护文物。

杭州祠
　　于谦墓位于浙江省杭州市风景秀丽的三台山麓，西湖乌龟潭畔。于谦祠位于于谦墓旁。
　　明朝弘治二年（1489），于谦冤案得以平反，孝宗皇帝表彰其为国效忠的功绩,赐谥“肃愍”，并在墓旁建祠纪念，取名 “旌功祠”。五百多年来，于谦祠屡毁屡建，现存建筑为 清同治 八年重建的旧迹，格局尚属完整，自91年5月起，先后经四次修缮，至1998年，值于谦诞辰600周年之际，于谦祠重新对外开放。
　　于谦祠为传统型的祠堂建筑，白墙灰瓦，朱漆大门，“于忠肃公祠”几个篆书大字显得庄严肃穆。祠堂共有三进，为前殿、正殿和后殿，前殿与正殿间，有南北厢房各一，厢房北面另有配殿一间，建筑面积约900多平方米。庭院里草木葱茏、绿树成荫，是一处清幽之所。
　　前殿辟为序厅，殿门两侧楹联是林则徐所撰：“公论久而后定，何处更得此人”。清朝嘉庆壬午年（1822）六月，林则徐任浙江杭嘉湖道，他倡议集资整修于谦祠墓，并带头捐献自己的官奉。上悬匾额“百世一人”，是对于谦一生功绩的高度概括。序厅正中一巨大石灰岩上镌刻着前言，石灰岩造型取意于谦青少年时所作诗作《石灰吟》，“粉身碎骨全不怕，要留清白在人间”也正是于谦一生刚正不阿、两袖清风高洁品性的真实写照。两侧墙上陈列于谦年表、于谦世系表，一张绘于清代的于谦夫妇像尤为引人注目。厅内还放置造型简洁的案几、椅等明式家具以渲染气氛。