明仁宗还在太子监国之时，即仇恨御史舒仲成，即位后欲治其罪。杨士奇说：“陛下即位后，曾下诏忤旨的人都得免罪。如果要治舒仲成的罪，则当时的诏书则无信，众多大臣会因此恐惧。皇上为何不能效仿汉景帝对待卫绾呢？”仁宗于是打消此念头。当时有人称大理寺寺卿虞谦言事不密，明仁宗大怒降其一级。杨士奇为他鸣白，虞谦得以恢复原籍。之后大理寺少卿弋谦因言得罪。杨士奇称：“弋谦是应诏而陈言。如果要加其罪行，恐怕群臣自此都不再说话了。”明仁宗因此立升弋谦为副都御史，且下敕引过自咎。

　　当时有大臣上书歌颂太平盛世，明仁宗把其示与各位大臣，群臣皆以为然。唯独杨士奇称：“陛下虽然泽被天下，但是靖难所牵连的流徙尚未归乡，战争所导致的疮痍尚未恢复，百姓仍然为温饱担忧。应当继续休养生息数年，太平盛世才可期至。”明仁宗表示赞同，并称：“我对你们至诚，是希望匡正辅佐、纠正错误。但只有杨士奇曾经五次上书，你们等人均无一言。果真朝廷政事毫无错误？天下太平了么？”群臣听后惭愧道歉。同年四月，明仁宗赐杨士奇玺书以表彰其贤德忠贞。此后，命修《明太宗实录》，杨士奇与黄淮、金幼孜、杨溥俱充总裁官。

　　不久，明仁宗病重，召杨士奇与蹇义、黄淮、杨荣到思善门，命杨士奇书写遗敕召太子朱瞻基到南京。

谏免兵戈
　　明宣宗即位后，杨士奇担任总裁修撰《明仁宗实录》。宣德元年，汉王朱高煦起兵谋反。明宣宗亲征平定叛乱。部队归还抵达献县单家桥时，户部侍郎陈山迎谒，并上言汉、赵二王沆瀣一气，请明宣宗乘势袭彰德（今河南安阳）逮捕赵王朱高燧。杨荣支持陈山的主张，但遭到杨士奇的反对。杨士奇称：“事情应当如实，怎么可以欺骗天地鬼神么？”杨荣厉声喊道：“你是要阻挡大计！现在逆党（朱高煦）都称赵王相谋为实，怎么说没有理由？”杨士奇说：“太宗（朱棣）有三个儿子，当今皇上只有两个叔父。有罪的不可赦免，但无罪的应当厚待，怀疑的话则防范，使其没有预谋而已。何必动辄加兵相战，伤皇祖的在天之意呢？”当时只有杨溥赞同杨士奇看法。于是杨荣率先入谏，杨士奇随后，明宣宗命皇宫侍卫不与两人入宫。之后明宣宗召见蹇义、夏原吉，两人均赞同杨士奇看法。明宣宗于是无意加罪于赵王，部队直接回京。抵达京师后，明宣宗召见杨士奇，并问其：“现在很多人都在上奏赵王事，怎么办？”他回答道：“赵王是您最亲的亲人，陛下应当保全他，不要被群臣言论所迷惑。”明宣宗称：“我想把群臣的奏折都拿给赵王看，另其自己处理如何？”他对答道：“甚好，如果能够赐一玺书更好。”于是朝廷发送玺书奏折给赵王。赵王看后大喜，哭着说：“吾生矣。”随即上书表示感谢，且献出护卫部队，言论从此停息。明宣宗从此待赵王日益亲切而轻待陈山，此外还对杨士奇说：“赵王之所以得以保全，都是您的功劳啊。”并赐金币给他。