台湾战役
　　1894年，中日甲午战争爆发，他预见到台湾前途危难，以“抗倭守土”为号召创办义军，自己带头变卖家产以充军费，并动员亲属入伍。不久，160营（实际上经训练的只有30余营）义军成立，丘逢甲担任全台义军统领（又称义军大将军）。1895年4月17日，李鸿章与日本首相伊藤博文在日本国马关春帆楼签订了丧权辱国的《马关条约》，激起了全国人民的义愤。丘逢甲悲愤交加，当即刺血上书，抗议李鸿章的卖国行径。此后他多次联合台湾绅士向朝廷发出呼吁电，要求废约抗战。清政府不但置台湾领土和几百万同胞于不顾，而且急诏撤回守土官兵。丘逢甲联合一批爱国志士，与日军展开抗战。日本侵略军进攻台湾后，台北、台南和台中的防务分别由唐景崧、刘永福和丘逢甲、林朝栋负责。由于唐平时放纵部下，纪律松散，无心抗战，一与日军交手，便节节败退，不久基隆失守，唐化装逃离台北，台北被日军轻易占领。消息传来，丘逢甲急举义军赴台北增援，途中得知台北已沦陷，唐已内渡，气愤至极。日军沿铁路南侵直达新竹，丘逢甲率义军与日本侵略军血战20余昼夜，进行了大小20多场战斗，给日军以沉重打击。终因“饷尽弹尽，死伤过重”而撤退。
　　1895年秋，失败后离台内渡，定居镇平，往来潮、汕、广州之间，一度赴港、澳、南洋等地，曾与康有为、梁启超会晤。后顺应时代潮流，从赞同维新保皇逐渐倾向革命，掩护同盟会员的反清活动，致力于兴办学校，推行新学，培植人才。先后担任两广学务处视学、广东教育总会会长、广东咨议局副议长等。民国成立，以广东代表身份赴南京参加筹组临时政府，被推举为参议院议员。1912年初，扶病南归，随即病故。他临终弥留之际，嘱咐家人：“葬须南向，吾不忘台湾也！”

黄冈起义
　　1907年5月，第二次黄冈起义失败后，何子渊等领导人随即返回梅州。不久，萧惠长、江柏坚、姚竹英、张花谷等人身份不幸暴露，被迫走避箭竹顶茶场达半年有余。其中姚竹英等人在箭竹顶茶场住了半年多，萧惠长、江柏坚住了四个多月，邱逢甲为了营救革命党人及商量下一步行动方案，于1908年（戊申年）夏初，多次来到石马“顺裕庐”跟子渊先生商讨对策，后遇险党人卒在何子渊、邱逢甲的疏通、担保之下得以脱险。
　　1904年，邱逢甲在箭竹顶茶场策划“黄冈起义”行动计划期间，为石马私塾先生黄彩平题写的屋名“迁善楼”墨宝，因刻石师父不小心泡了水，缺损了一角，这次子渊公又在箭竹顶茶园议事厅请邱逢甲即兴挥毫重写了一张。为此，黄彩平还特地减免了何家两斗谷种的地租以表谢意。（迁善楼，光绪戊申夏月，邱逢甲书）
　　黄冈起义虽然失败了，但它给满清王朝所造成的冲击却堪与广州黄花岗起义相媲美。正如孙中山在他的《建国方略》中所言：“若无此次诸烈士轰轰烈烈足丧满虏之胆之善因，怎有辛亥武昌之义师一举而鄂督瑞澄入军舰之美果？”。
　　1904年春节，邱逢甲在箭竹顶茶场一共住了两晚，直至正月十八才下山。期间，特地以何子渊的字“东汉”为据，为子渊先生题下“光汉茶庄”和“渊庐”“顺裕庐”等多幅墨宝。“光汉茶庄”坐落在石马镇石马圩“光记”商店对面，营业面积约100多平方米，由何子渊的弟弟子韶负责经营，是箭竹顶茶在海内外的经销母店，同时也是革命党人的地下联络点。箭竹顶茶在清朝乾隆年间非常出名，行销海外、南洋一带。民国时期，渊公曾以此茶馈赠孙中山、胡汉民、廖仲恺、许崇智、陈济棠、李济深、蒋光鼐、蔡廷锴、张发奎等名人，均赞不绝口。“渊庐”坐落在“光记”旁边，建筑面积约50多平方米，专供何子渊在石马上学的子孙寄宿及革命党人临时落脚之用。
　　不料，两座极具历史、文物价值的建筑均在上世纪五十年代初被“土改”名义没收，房契、地契被强制烧毁。打到“四人帮”后，石马公社革委会又以何子渊家没有“台湾关系”为由拒绝归还……
　　话说邱逢甲1904年正月十八回到兴民学堂，不久便接到广东省政府的调令，奉调广东学务处任职。