道光二十七年（1847年）三月，清廷命林则徐为云贵总督。到任后，以维护云南边境安定得力加太子太保，赏戴花翎。二十九年（1849年）秋，因病重奏请开缺回乡调治，翌年三月返抵侯官。九月，又被清廷命为钦差大臣，去广西镇压拜上帝会的反清武装起义。他抱病从侯官起程，十月十九日（1850年11月22日）逝于潮州普宁行馆。在报丧奏折到京前，清廷于十月二十四日（11月27日）还命他暂署广西巡抚。
　　在任滇都时，他提出整顿云南矿政，鼓励私人开采，提倡商办等主张。这反映出他的思想中包含着萌芽中的资本主义思想。于道光二十九年（1849年）因病辞归。结束了他的政治生涯。道光三十年（1850年）清廷为进剿太平军作乱，故再任命他为钦差大臣，督理广西军务。但不幸的是在赴任途中，林则徐于1850年11月22日暴卒于潮州普宁县行馆，终年66岁。死后清廷晋赠其太子太傅，照总督例赐恤，历任一切处分悉行开复，谥文忠。

万古流芳
　　林则徐禁烟、销烟受到了马克思的称赞。1858年，马克思在所著鸦片贸易专论里就肯定了林则徐的这一禁烟壮举。“国际联盟”把虎门销烟开始的6月3日定为“国际禁烟日”。（5月31日则是世界卫生组织发起的“世界无烟日”）
　　1987年12月联合国第42届联大又把虎门销烟完成的翌日6月26日定为每年的“国际禁毒日”（International Day Against Drug Abuse and Illicit Trafficking）。
　　国际天文学联合会将北京天文台1996年6月7日发现的小行星（国际永久编号7145）命名为“林则徐星”。
　　林则徐退休之后，欲与北京任京官的长子同住，因买不起京中住宅，最终回到福州住在父亲购置的旧屋中。其故居云左山房，又称七十二峰楼，他把新疆带回的七车书册，皆藏在里面，从此，过住平淡的生活。
　　咸丰帝继位后，因洪秀全等组织的拜上帝会正在准备起事，咸丰帝下旨求贤以对付太平天国，大学士潘世恩、通政使罗惇衍、两名尚书孙瑞珍、杜受田力荐林则徐。
　　可是林则徐根本未康复，疝气不时发作，结果他要躺在特制的卧轿，由福建、广东山区，一路直达广东，到潮州时，开始严重下痢，到了普宁，已病入膏肓，不得不暂住普宁行馆。最后林则徐在儿子林聪彝及幕僚刘存仁陪同下，于道光三十年十月十九（1850年11月22日）辰时，指天三呼“星斗南”之后，与世长辞，享年六十六岁。
　　林则徐墓位于福建省福州市北郊马安村的金狮山麓。墓用三合土筑造，为四层台结构。墓地离市区4公里。

墓地

　　林则徐墓，在福州市省军区内，郊马鞍村金狮山麓，坐北向南偏东南57度，面对五凤山。平面呈如意形，其墓为三合土夯筑，五层墓埕，面宽14.6米，纵深37米。封土隆起，形如覆釜。封土后护坡正中饰一圆形的“寿”字，直径0.82米。

　　封土前竖立一块高1.08米、宽2.55米、厚0.16为的墓碑，一是御赐祭文，一是御赐碑文。正中的供案桌上立长方形石碑牌，上镌楷书56字，写法属传统形式，读时先中行，继右行，随之左行，再回读右而后左，余此类推。

　　碑牌上所列官衔都是林则徐的，按当时“父以子贵”的规例，做父亲的死后也可以享用。供案左右的转角柱上镌有对联：“百丈松楸驯鹿土，千秋佳节卧牛眠。”碑面阴刻：“皇清诰封资政大夫、两淮盐政、前江苏按察使晹谷林公、配陈夫人，男少穆公、妇郑夫人，出继男雨人公、妇李孺人寿域。道光丙戌年仲夏吉旦立。”楷书，直下11行（读序自中、左、右），字径12厘米。

　　碑文中的“晹谷林公”为林则徐父林宾日（1749～1827年）；“陈夫人”为林则徐母陈帙（1759～1824年）；“少穆公”即林则徐，“郑夫人”为林则徐妻郑淑卿（1789～1847年）；“雨人公”为林则徐弟林霈霖，“李孺人”为霈霖妻李氏。此墓系清道光六年（1826年），林则徐因母丧守制，为其父母营造的，林则徐逝世后附葬于此。