淳熙十四年（1187年）十月，任秘书少监。

享庙之争
　　淳熙十五年（1188年）三月，孝宗采纳翰林学士洪迈之议，以吕颐浩等人配飨高宗庙祀。杨万里力争主战名相张浚当配飨，指斥洪迈不俟集议、专辄独断，无异“指鹿为马”，因此惹恼孝宗。孝宗说：“万里以朕为何如主？”因而削去直秘阁，出知绢州（今江西高安）。

复召还朝
　　淳熙十六年（1189年）二月，孝宗禅位于太子赵惇（即宋光宗）。杨万里于五月复直秘阁，八月被召，九月入京。他连上三札，要求光宗爱护人才，防止奸佞做到“一日勤，二日俭，三日断，四日亲君子，五日奖直言”（《第三札子》）。十月，除任秘书监。

　　绍熙元年（1190年），以焕章阁学士职充任接伴金国贺正旦使，兼实录院检讨。八月，《孝宗日历》修成，照例应由杨万里为《日历》作序，而宰臣却另命礼部郎官傅伯寿作序，杨万里于是自劾失职，请求去职，光宗挽留。接着又因要进《孝宗圣政》书，本应由杨万里奉进，但孝宗犹念旧恶，大不痛快，于是外调杨万里为江东转运副使，暂时代理总管淮西和江东军马钱粮。

幽居不出
　　绍熙二年（1192年），朝廷下令于江南诸郡行使铁钱会子，杨万里上书谏阻，不奉诏，得罪宰臣，因而改任赣州知州，杨万里未就职，并请求任祠禄官，获授秘阁修撰、提举万寿宫，于八月谢病自免，回归吉水。自此幽屏，便与世绝。

　　绍熙五年（1194年），光宗禅位于宋宁宗赵扩。宁宗即位后，召杨万里赴京，杨万里辞谢不往。次年九月，升焕章阁待制，提举兴国宫。

　　庆元四年（1198年）正月，进封吉水县开国子，食邑五百户。

　　庆元五年（1199年），因已过退休的年龄，便请求致仕。三月，升宝文阁待制，允其致仕。次年十二月，进封吉水县开国伯。

　　嘉泰三年（1203年）八月，进宝谟阁直学士，宁宗赐其衣带。

　　嘉泰四年（1204年）正月，进封庐陵郡开国侯，加食邑三百户。

　　开禧元年（1205年），宁宗又召杨万里赴京，他再次推辞。

病逝家中
　　开禧二年（1206年）二月，升宝谟阁学士。同年五月八日（6月15日），杨万里逝世，享年八十岁。

　　开禧三年（1207年）正月，朝廷追赠杨万里为光禄大夫。

　　嘉定六年（1213年）十二月，朝廷宣敕，赐杨万里谥号“文节”。

参考资料：

1、《宋史·卷四百三十三·列传第一百九十二》

作品风格

　　杨万里诗歌大多描写自然景物，且以此见长，也有不少篇章反映民间疾苦抒发爱国感情；语言浅近明白，清新自然，富有幽默情趣；称为"诚斋体"。