三十三年五月，“济宁等处粮艘过津前后脱帮”，乾隆认为“办理不善”，嵇璜召授工部尚书，离开了治河一线。三十四年正月又因“河东总督任内未甄别佐杂”，被降调都察院左副都御史。三十六年迁工部右侍郎；三十八年五月擢工部尚书，随后又转兵部，充经筵讲官。?

　　四十年，嵇璜充《四库全书》馆正总裁、会试正考官；四十四年，兼翰林院掌院学士，寻调吏部尚书、协办大学士。四十五年九月，授文渊阁大学士，旋充文渊阁领阁事兼国史馆、三通馆正总裁等。京城任职二十余年，其业绩为主持编写文化典籍《河源纪略》、《四库全书》、“清三通”等。

　　四十六年五月，黄河出现多处险情，朝廷深为忧虑。嵇璜虽然久离河工，但仍心牵河务。今日学者白木、周艳琼在《淹没在尘埃中的几个清代改造黄河策略》一文中曾这样谈及历史往事　“……河决青龙冈。大学士嵇璜在热河面奏高宗，建议令黄河仍归山东故道，高宗‘以为其事难行，是以迟回久之’。然而青龙冈决口堵而复决，大学士阿桂及河督李奉翰等大臣束手无策。高宗又将嵇璜之建议询之阿桂等，令各就所见据实复奏。阿桂等人复奏‘俱称揣时度势，断不能行，其词若合一辙’。高宗又恐阿桂等人‘揣合朕意，故为此奏’，并指出：‘嵇璜尚为素悉河务之人，其前奏使河流仍回山东故道之语，亦必中有所见。即使其事难行，而其言为要工起见，究属因公；且治河之策，本应集思广益，正不妨博采周咨，以期询谋佥同，折中至当。着大学士九卿科道等，再行悉心妥协会议具奏。’但是此议仍遭到大臣们的一致反对，不能施行。嵇璜幼年随父嵇曾筠实习河工，后又多年主持河务，确是‘素悉河务’之人。他在高宗召对时敢于面奏改河方案，一定是经过深思熟虑的。高宗对他的建议也是心有所动的，但后来几经犹豫反复，还是没有采纳，归根结底，仍是怕其妨碍漕运之故。”

　　自此以后，嵇璜再也没有参与过河防事务。但事隔七十四年，铜瓦厢大决口，黄河在席卷无数生命财产之后，自动北返山东故道。

　　四十七年，嵇璜加太子太傅衔，命在上书房总师傅上行走。五十年，朝廷举办隆重的千叟宴，嵇璜因德高望重被举为汉大臣领班。五十一年，因精力日衰而请求致仕，但未获准。乾隆诗以赐之：“愿老何须以老悲，古稀犹此日孜孜。旰宵未倦依然，尔我同庚可不思。一去已怜一为甚，再随应识再非宜。汉家灾具三公免，君合臣纲我勿为。”不久，又被特准在紫禁城内骑马，肩舆入值，但嵇璜“非体有不适与极大风雪，仍步行入朝如故”。五十五年四月，“以璜成进士逾六十年，重与恩荣宴”。五十七年，嵇璜又请求致仕。他与刑部右侍郎 无锡老乡秦瀛交好，事情始末在《书嵇文恭遗事》中，秦瀛有生动的记载：