乾隆十八年，黄淮并涨，堤决遭淹。嵇璜此时正以吏部侍郎随驾热河，闻讯后立刻草拟“宣防八事”奏疏。乾隆看重他的治河才能，派他与工部侍郎一道南下，实地查看河防，并督修堤岸诸工程。嵇璜培修重点堤岸；改砖工为石工筑拦河坝；在诸水总汇的串场河地区，建新闸门，浚旧河道；修复受损的几处草坝。经过近半年努力，大功告成，乾隆特下谕表彰。

　　二十年二月，嵇璜恳请终养，未获准。十二月以母老病恳请回籍。

　　二十一年，江苏淮安、徐州、扬州等府又因河决遭灾，“璜在籍奏请买小麦运江平粜，上从之”。　二十二年春，乾隆认为，“璜母病愈”且“璜侍父曾筠久任河工，见闻所及，谙练非难”，任命他为南河副河总，负责江北淮扬一带河道的疏浚，并赐诗：“淮黄近多事，简畀冀堪胜。习矣吾知夙，佥惟汝尚能。母仪近养便，父训熟闻曾。伫俟成功奏，忧心日所凭。”还赐“奕世宣勤”额以鼓励。从此，嵇璜便正式担当起治河重任。

　　江北一带，淮扬地势偏低，周围洪泽、高邮、射阳等湖因黄淮两河泥沙淤积，无法起到蓄洪作用，以致河堤决口，洪水便长期滞留。对此，嵇璜采取“改纡为直，移远为近，浚浅为深”的治理办法，先修建高邮运河的东堤闸坝，使一部分潴水排向长江，以减轻入海的压力；然后开始疏导下河归海的道路。这项工程一直继续到二十三年五月才完成，被乾隆称赞为“经理下河，尔功不小”。除此之外，嵇璜还制定了“高邮运河诸坝开启水位标准”、“各湖入江要区的芒稻闸永行开放”等规章，均得到乾隆的嘉许，“命勒石闸畔”。八月，秋汛大涨，湖河安然无恙，嵇璜因功晋级，擢工部尚书，后调礼部。

　　二十四年四月，嵇璜请准在籍终养，不久又因母丧守制。二十五年八月，嵇璜进京为乾隆祝寿，途经淮扬地区，目睹治河进程，又上奏陈述了自己的意见。

　　三十二年四月起复任礼部尚书，七月改授河东河道总督。此前，嵇璜曾主持江北淮扬河务，对东河并不熟悉，于是乘赴任之机，绕道河南，调查沿河实情。到任后，便发布“裁坝夫、栽堤柳、革除垫崖贴坡诸弊”等命令，又修筑杨桥大坝，制定保证运河通航的水量管理办法。史载“璜每巡河，不避艰险，身先属吏”，以至“积劳咯血”。一次，天未破晓，虞城工险，嵇璜不顾雨雹交下，道路泥泞，立即前往。当时，河水猛涨，激浪冲刷着堤岸，情况危急，随行者“瑟缩面皆改色”，纷纷劝他躲避，嵇璜“立堤上”厉声叱曰：“埽去则我与俱去!”亲督抢险，终于保住了堤岸。