隆武二年三月五日（4月20日）就义，临刑前，盥洗更衣，取得纸墨，画一幅长松怪石赠人，并给家人留下了遗言：“蹈仁不死，履险若夷；有陨自天，舍命不渝”。就义之日，其老仆哭之甚哀，道周安慰他说：“吾为正义而死，是为考终，汝何哀？”乃从容就刑。黄道周" href="http://www.youmowan.cn/shiren/16905.html">黄道周因抗清死节，大义凛然！至东华门刑场上，向南方再拜，道周撕裂衣服，咬破手指，留血书遗家人：“纲常万古，节义千秋；天地知我，家人无忧。”临刑前大呼：“天下岂有畏死黄道周哉?”最后头已断而身“兀立不仆”，死后，人们从他的衣服里发现“大明孤臣黄道周”七个大字。其门人蔡春溶、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。

　　讣讯传至福建，隆武帝“震悼罢朝”，特赐谥“忠烈”，赠文明伯，并令在福州为黄道周立“闵忠”庙，树“中兴大功”坊；另在漳浦立“报忠”庙，树“中兴荩辅”坊，春秋奠祭。百年后，清乾隆帝为褒扬黄道周忠节，追谥“忠端”。

后世纪念

　　纪念馆

　　黄道周纪念馆面对旗鼓山，占地1.7亩，是典型的明代闽南古民居建筑。馆内以丰富的图片和翔实的文字，展示黄道周一生的贡献和生平事迹。馆中存有他制作的天地盘，由两层石板重叠构成，正方形，盘面刻有16 384个方格和八个直径不等的同心圆，相互交错，谓之“天圆地方，方圆相削，凡十八变而返于原”。天地盘石案是他释天论地、研究和讲授易学数理的仪器，是稀世罕见的科技史信物，其中的奥秘至今无人破解。黄道周纪念馆和位于县城北郊的黄道周墓均为省级重点文物。

　　黄道周馆建于明代崇文书院原址之上(崇文书院，始建于明正德元年，为东山历史上三大书院之一，黄道周童年曾就读于此，清康熙初年实行“迁界”政策，书院遂废。)，与宝智寺、关帝庙相毗邻。该馆建筑面积800平方米，占地面积约1千平方米，属泥石结构仿古建筑，红墙绿瓦，颇为壮观。

　　黄道周就义后，邑人在其出生地铜山深井村旧居设神牌祭祀，在其执教的明诚堂设馆纪念。相传在他就义后十年，有人在武夷山林里，看见一个黄衫朱履的老者策杖优游于林泉间，酷似黄圣人。于是为之建庙崇祀，享受人阅香火。人们视黄道周为神，尊称“助顺将军”，以避清廷忌视。