崇祯九年（1636年），召复黄道周" href="http://www.youmowan.cn/shiren/16905.html">黄道周原官，迁左谕德，擢詹事府少詹事，兼翰林侍读学士，充经筵日讲官。崇祯十一年（1638年），黄道周因指斥大臣杨嗣昌等私下妄自议和，七月初五崇祯帝在平台召开御前会议，黄道周“与嗣昌争辩上前，犯颜谏争，不少退，观者莫不战栗”。崇祯帝袒护杨嗣昌，斥黄道周：“一生学问只办得一张佞口！”黄道周高声争辩：“忠佞二字，臣不敢不辩。臣在君父之前独独敢言为佞，岂在君父之前谗诌面谀者为忠乎？”他厉声直逼皇上：“忠佞不分，则邪正混淆，何以治？”这场有名的辩论之后黄道周被连贬六级，调任江西按察司照磨。

　　崇祯十三年（1640年），江西巡抚解学龙以“忠孝”为由向朝廷举荐黄道周。解学龙说：“我明道学宗主，可任辅导（相）。”崇祯一听大怒，下令逮捕二人入狱，以“伪学欺世”之罪重治。由于几位大臣力谏，改为廷杖八十，永远充军广西。

　　崇祯十四年，杨嗣昌暴病而亡。崇祯回想起黄道周当初的预言，便下旨将黄道周复官，入京召见。此时，河南已被李自成农民军攻占，关外大明领土也皆被清军占领，黄道周见朝廷昏庸无道，国运已尽，遂告病辞官，回到老家福建漳浦，结庐先人墓侧，专心著述。

　　抗清死节

　　明亡后，任南明弘光朝吏部侍郎、礼部尚书，“严冷方刚，不偕流俗”，杨廷麟曾力荐他充讲官兼直经筵。弘光亡后，回福建，至福州。隆武帝封武英殿大学士兼吏、兵二部尚书。时清廷颁布剃发令，江南人民求救于南明隆武朝廷，黄道周返乡筹兵。

　　隆武元年（1645年）九月十九日，道周募众数千人，马仅十余匹，另有一月粮，出仙霞关，与清兵抗击。夫人蔡氏叹道：“道周死得其所了！”。十月初抵达广信（今上饶），募得三个月兵粮，分兵三路，向清兵发起进攻，一路向西攻抚州（今临川），另两路北上分攻婺源、休宁，不久三路皆败。十二月六日，黄道周率队向婺源出发，至童家坊，得知乐平已陷，二十四日，抵明堂里时遇伏，道周被徽州守将张天禄俘获，送至南京狱中，狱中吟咏如故，有诗云： 六十年来事已非，翻翻复复少生机。老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。清廷派使洪承畴劝降，黄道周写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。后绝食十二日，期间其妻蔡氏来信：“忠臣有国无家，勿内顾”。