乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到乾隆帝倚重，并被授予了相当重要的权力。

　　转战台湾

　　在甘肃发生回民事件以后，东南的台湾又爆发了林爽文起义，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处在主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。由于常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。十一月，福康安一行渡鹿仔港（今台湾彰化西南鹿港），登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围中出而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围。同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。终于在乾隆五十三年（1788年）正月，在老衙崎俘获林爽文。

　　前次诸罗被包围时，福州将军恒瑞在盐水港（今台湾台南县西北盐水镇）观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安弹劾恒瑞，问他妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他作战奋勉，仍请将恒瑞留于军营。

　　乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。林爽文起义失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。清廷命在台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。

　　乾隆五十四年（1789年）正月，因越南滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。