总领一方

　　由于福康安在大小金川之役中与士卒艰苦作战，克敌制胜，初步展示了他的军事才能，得到了重视武功的乾隆帝的赏识，于是一再提拔使用。乾隆四十二年（1777年），福康安被授予吉林将军之职，次年调任盛京将军。

　　乾隆四十五年（1780年），被授为云贵总督，成为总领一方军政的封疆大吏。在云贵期间，福康安主张铜厂立法宜详，用人尤要应实，提出在云南多开采铜矿，使铜的产量增加，受到朝廷嘉奖。乾隆四十六年（1781年）八月，福康安又调任四川总督兼署成都将军。川陕之地向来为清朝视作军事重地，十分重视其总督及巡抚的人选，一般均以满洲重臣充任，福康安任为川督后，受命严缉“咽匪”。

　　乾隆四十七年（1782年）五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书，五月，又授为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣、总管健锐营事务。乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再擢而为兵部尚书、总管内务府大臣。福康安因其军功，受到乾隆的宠信和重用，不断加官晋职，成为声名显赫的朝廷重臣。

　　平定民变

　　甘肃的回族事件继发于撒拉族民变之后，由田五等人团结固原州、通渭一带回民，在甘肃通渭北六十里的石峰堡修筑营寨，于乾隆四十九年（1784年）四月在盐茶厅小山地方起事，并向西北进军，但攻靖远、会宁不下，田五又于作战中死亡，遂折向东南，与通渭的回民一道攻通渭城。西安副都统明善率军与回军交战，清军陷入埋伏圈，全军千余人均覆没，明善亦毙命。在紧急形势之下，清廷急忙重瓤组织兵力，命福康安带钦差大臣关防，驰驿以赴甘肃镇压民变，并授参赞大臣，会同将军阿桂共同任事，又任命福康安为陕甘总督。

　　乾隆四十九年（1784年）六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千，攻破石峰堡，生擒张文庆等。福康安因此晋封为嘉勇侯。鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。