沈攸之事件暴发，袁粲有二心，太祖召褚渊来商量，褚渊说：“西夏那边闹事，必然不成气候，公(太祖萧道成)应该先防备内部出事。”太祖便秘密作了防备。事件平定后，褚渊进位中书监、司空，本官仍旧。
齐王府建制开始时，褚渊援引何曾自魏司徒为晋丞相的先例，请求太祖让他到齐王府任职，太祖谦虚而不答应。建元元年(479)，褚渊进位司徒，侍中、中书监等职务仍旧。被封为南康郡公，食邑三千户。褚渊坚决辞让司徒。他给仆射王俭写信，想依照蔡谟的事例。王俭认为不宜说，劝褚渊接受下来，褚渊终究不就职。不久加褚渊官尚书令，其他本官仍旧。建元二年，重申上次任命，褚渊任司徒，他又坚决辞让了。
这一年敌虏又有所活动，皇上想发动所有王公以下没有官职的人员到军队去，褚渊谏止说这无益于实用，而且徒然造成扰动，皇上便作罢了。朝廷里的机密大事，皇上常常要听取褚渊的意见，而且经常采纳他的建议，对他的礼遇甚为厚重，有一回皇上大宴群臣，酒后对群臣说：“你们大家都是宋时的公卿，也没有人认为我应该做皇帝吧？”王俭等人还来不及回答，褚渊手持笏板说：“陛下不能说我们没有早识龙颜。”皇上大笑道：“我有愧于文叔，早就知道你是朱祜了。”
位极人臣
太祖驾崩，在遗诏中任命褚渊录尚书事。东晋以来，尚书没有单独拜录的先例，有关部门怀疑考虑要立优策。尚书王俭讨论时说；“现居本官，另外拜录，按理应该有策书才是，但这样的情况又不见记载。中朝以来，三公王侯的封任，都是优文与策书并设的，官品第二，则只策不优。优文只是褒美，而策书还兼有表彰委任寄托的意思。尚书之职居于大官，是政治教化的根本，所以尚书令虽然只是三品，但拜官必有策书。录尚书虽不明确品位待遇的级别，但总理之任尤其重大，前代大多是与本官同拜，所以不另立策书。根据即事缘情适时变革的原则，此事有能和一般官僚的任命同样对待，应该有策书，以表明寄托和隆重。既然和王侯不同，也就不必要优文了。”
不久褚渊生病了，皇上观察星象认为将连续发生变故，褚渊很担忧，便上表要求退下来。又通过王俭和侍中王晏口头请求世祖，世祖不批准。褚渊又上启道：“臣下我资质凡薄，福过灾生，没能保持正情以获安宁，很是惭愧。而我是忠心耿耿的，就更觉得不能拖延时间了。我受职不久，头一年就患了重病，近来更是多次出现危险，更加忧虑震惊。陛下总是格外地挽留爱护我，有人说是有关人员议论未定，这都是因为您对我过分的慈爱并想让我更加荣耀。我已经四十八岁了，蒙受如此待遇，因为生病而要求退休，这有什么可惊奇的呢？况且总录尚书这个职位，东晋以来就很少任命，是国家重要的高层中枢。如今我接受的时候不曾推辞，而退休下来也是自愿，这对于我的名誉地位也没什么影响，这也是人所共知的事情，陛下何足为这点事情劳神费心呢？我如果是为了故意谦虚掩饰而赚取廉洁退让的名声，那么就应该受到监察部门的揭露和法律部门的制裁。我的一片赤诚之心不能落实，这也是神鬼不来宽宥我的原因吧。区区寸心，现在都照实禀告了。我知道光阴宝贵，更希望天下大治远过于尧舜时代。当年王弘坚决请求，才从司徒降为卫将军，刘宋王朝行之为疑，当时也没什么好的反映，拿我与他比较，就更不持齿了。我只盼望陛下宏图大展，王业发达，这样虽死在九泉，也如同活在人间了。”于是改任褚渊为司空，领骠骑将军，侍中、录尚书仍旧。
