辅佐幼主
明帝驾崩，遗诏任褚渊为中书令、护军将军，加散骑常侍，和尚书令袁粲一起接受顾命，辅佐幼主。褚渊同心共理政务，当时正处在奢侈之后，褚渊特别强调俭约，老百姓都很仰赖他。对待宾客，从来不流露骄傲和厌倦。王道隆、阮细夫把持朝政时，公然进行奸赃贿赂等活动，褚渊也不能禁止他们。
庶母郭氏去世，褚渊丧事期间特动感情，数日之中毁顿得没个人样儿。将近一年不梳头不洗脸，只有眼泪流过的地方才能显露本来的面貌。皇上下诏要他断哭，禁止前往凭吊。安葬完毕，起用为中军将军，本来的官职仍旧。
元徽二年（474年），桂阳王刘休范造反，褚渊与卫将军袁粲进来保卫皇宫及中央机关，并稳定集中众人的心理。褚渊当初在丹阳尹任上时，曾和从弟褚火召一起外出，路上碰到太祖(萧道成)，褚渊举手指着太祖对褚火召说：“此人可不是寻常之辈啊！”后出任吴兴太守，太祖送东西来作告别，褚渊又对褚火召说：“此人才貌非常，将来不可估量啊！”明帝临终召大臣顾命的时候，褚渊便把太祖也拉来参与了。
太祖平定桂阳王以后，被升任中领军，领南兖州刺史，增食邑户数。太祖坚决辞让，并向褚渊和卫军袁粲上书说明，经褚渊、袁粲劝说，萧道成于是接受。这一年，皇上给褚渊加官尚书令、侍中，配给班剑仪仗二十人，褚渊坚决辞让了尚书令。元徽三年，晋爵为侯，增加食邑至千户。服丧结束后，改授中书监，侍中、护军等职仍旧，又配给鼓吹一部。次年，褚渊后嫡母吴郡公主去世，他又像上次那样哀伤毁瘠。安葬后，皇上下诏要他着手职务，他坚决辞让，又以年祭在即为由，请求解职，皇上都没允许。
参与废立
苍梧王(刘昱)酷暴稍甚，太祖与褚渊和袁粲谈论天下大事，袁粲说：“主上正处少年，有些小错误改起来也容易，伊尹霍光那样(废立君主)的事情，不是我们这个时代所适于做的，即使干成了，我们最终也不会有好下场。”褚渊不说话，但心里倾向太祖做皇帝。后来要废苍梧王，群公集议，袁粲、刘秉不接受安排，褚渊说：“除了萧公(道成)没有人能收拾局面。”手取诏书授予太祖，太祖说：“送给他他不要，我就不好推辞了！”事情于是定下来。顺帝(刘准)立位后，褚渊改号卫将军、开府仪同三司，侍中之职仍旧。配给甲仗五十人上殿。
