1945年3月某日，军统特工金志涛在上海开往南京之火车上伏击一名日本军官，从其随身皮包内获得一份重要情报，随即用电报发往重庆。金托陈方恪" href="http://www.youmowan.cn/shiren/13166.html">陈方恪销毁情报资料，但其中有一份图表因价值较高，陈方恪未忍销毁，携归后藏于一本线装诗集封套里。此时日军宪兵队已派遣便衣从多方面监视金陵刻经处，随时准备闯入抓人。而入住刻经处之军统特工与电台已无法再转移出去，只得将密码本烧毁，将电台藏于刻经工人房内。
8月5日下午，一队日军宪兵冲进金陵刻经处，直奔后院，将两名军统特工捕获，电台也被搜出，另有三名工人亦被捕。陈方恪恰巧正遇朋友在门外谈话，见事不妙，乘乱混出大门之后，立即电话通知缪斌及隐藏在某医院内之金志涛，随即躲入密友家中，缪斌闻讯即逃往上海。日军宪兵开始搜查其房间，甚至将室内地板一一撬起。孔紫萸乘宪兵不备，将藏有日军图表之线装诗集扔进在燃火之灶膛内。陈方恪遂托人向汪伪政府高官陈公博、陈群、梅思平等人求救。次日早晨，其回家探听风声时，被守候之日军宪兵抓获，随即押往宪兵队，关在地下室里。在审问时，对刻经处所藏军统电台推说毫不知情，仅是借房屋给不认识人居住。又逼问此事与汪伪高官缪斌等人是否有关联，亦坚不吐露实情，遭受严刑逼供。后经汪伪高官与日军将领疏通，三天后，刻经处三位工人被释放，但陈方恪因案情严重，又不予“配合”，继续羁押。
8月9日，陈方恪被宪兵押往上海，在驻沪日军协助下，包围缪斌位于绍兴路上之寓所。一欲捕获缪斌与陈对质，另欲捕获其他军统特工。此日电台中已经广播苏联对日宣战消息，日军闻之皆神情沮丧，已无心再深入追查，遂将陈方恪押回南京。又倍受酷刑折磨，险些丧命。8月14日，电台中播放日本天皇宣布投降消息，日军已经自顾不暇，无人再过问陈方恪案件。次日，经过汪伪官员居间调停，日军允许担保假释，但须随传随到。仅短短十天时间，陈方恪已是满头白发，瘦骨嶙峋，体重仅四十余斤。
9月下旬，军统局要员飞抵南京、上海等地，视察接受敌伪资产和布置肃奸事宜。同时召见一些在抗日期间有功之军统地下特工人员，予以慰问和嘉奖，传陈方恪亦在其中。1946年年底，军统局改编为国防部保密局，编制缩小，大量裁员，遂解除与陈方恪关系。然对其当年曾借款资助军统潜伏人员开支，却未予以应有之经济补偿。据传后来身居军情系统要职之洪门兄弟徐亮，也仅用几块烟土以私人名义予以象征性补偿而已。
清代：陈方恪
渺关河、春鸿秋燕，一年一度来往。灯期祗道江南好，偏是雪花如掌。
孤俊赏。归趁及、汾香酒熟开春盎。云山北向。任抱犊书残，飞狐径没，怀古托微尚。
飘蓬恨，十载栖迟相望。河源何处同访。偷閒莫问劳生事，且挹钟山朝爽。
从俯仰。还喜有、征装满叠新诗帐。骊歌又唱。试检点樽前，几人犹在，休与话惆怅。
清代：陈方恪
倚棹湖边，看迤逦、崇城如画。记当日、鞭丝帽影，几番游冶。
小苑新莺啼梦后，碧山凉月吹箫夜。尽栖迟、白首卧江南，何为者。
废塔外，残阳泻。孤屿畔，双凫下。祗琴樽消歇，绮缘都舍。
沧海清音人已远，江关旧恨身偏写。更支节、倦眼独临风，秋潇洒。
清代：陈方恪
袅袅青衫，问今日、寄愁何地。敢分是、今想无福，他生修慧。
宝玉红楼难比洁，痴珠秋月徒空瘁。祗亦花、宝鉴一春航，差堪拟。
多情种，平交谊。忧幽病，相思泪。算酒边人外，诸般滋味。
五噫行歌志到隐，七年淹席惟思睡。待安极、穿冢傍要醒，吾其已。
清代：陈方恪
绯苣同心，灵鹣共命，梅边稳住吟身。小谪华鬘，从知早种兰因。
璿玑才调风流远，羡沤波、福慧平分。尽消他、韵事红闺，刻烛裁云。
石城大好家居在，傍绒庄绮陌，烟水东邻。璧月新愁不散，轻上眉颦。
无端锦瑟空房语，送华年、断梦成尘。俧谁怜，青鬓萧疏，对影朝昏。